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Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005

UPRES JE 2311, Inserm Espri Biochimie pharmaceutique. Problèmes liés à l’identification de gènes bactériens exprimant des ARN non traduits en protéines. Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005. STOP. T. RNAs. Proteins. Adaptation to sudden changes. Bacterial physiology.

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Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005

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Presentation Transcript

  1. UPRES JE 2311, Inserm Espri Biochimie pharmaceutique Problèmes liés à l’identification de gènes bactériens exprimant des ARN non traduits en protéines Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005

  2. STOP T RNAs Proteins Adaptation to sudden changes Bacterial physiology Regulatory RNAs Virulence Que sont les petits ARN bactériens régulateurs? DNA bacteria

  3. Comment ces ARN bactériens régulent-ils ?

  4. Sélection Fonction Structure Ligands Stratégie Analyse globale de l’expression d’ARN bactériens

  5. Modèles Gram negative: Escherichia coli Laboratory and pathogenic strains Gram positive: Staphylococcus aureus Pathogenic strains

  6. Hypothèses La conservation de séquences entre RIG issues de séquences de génomes bactériens apparentés suppose l’existence d’un gène. La majorité des gènes exprimant des ARNrég bactériens sont situés dans les RIG.

  7. Extraction des régions inter-géniques Gène 2 Gène 1 R.I.G. vrai ORF 1 ORF 2 Pr ATG Stop Pr ATG Stop Tr Tr R.I.G. Extraction des RIG K12 : 3517 RIG Elimination des RIG < 120 nts Elimination de 40 nts en 5’ & 3’ des RIG K12 : 1558 RIG ( Banque de RIG )

  8. Recherche de conservations Banque de R.I.G. Banque de génomes complets Fasta Crible Alignements multiples Homologies limitées à E. coli Sans Homologies R.E.P. RIG conservées K12 : 562 RIG K12 : 130 RIG K12 : 766 RIG K12 : 100 RIG

  9. Terminateurs rho-indépendents Promoteurs G+C% RIG conservées Annotations du génome (PBS, IS, RR) Recherche de structures d’ARN TTTTTTTTT Candidats TATAAT -10 TTGACA -35 14 à 20 nt Sélection des candidats

  10. Exemple d’identification d’un ARN bactérien chez E. coli Bioinformatics, 2003, 19:1707-1709 ISI accessible à: http://www.biochpharma.univ-rennes1.fr/

  11. Élimination des RIG avec REP Recherche de signatures de gène 1. Analyse globale Recherche d’îlots riches en G+C 2. Selection 3. Function 4. Structure 5. Ligands Application au génome d’ E. coli Génome E. coli K12 Extraction des RIG Séquence ORF Séquence RIG (3517 RIG) Suppression des RIG <120 nts RIG <120 nts (1959 RIG) RIG > 120 nts (1558 RIG) Recherche de conservations parmi 60 génomes bactériens séquencés RIG conservées (692 RIG) RIG non conservées (866 RIG) RIG avec REP (130 RIG) 200 RIG Microarrays

  12. Pb pour détecter les unités de transcription.

  13. Une conservation de séquence est-elle due à l’existence d’un cadre ouvert de lecture ou d’un gène exprimant un ARNnc?

  14. Il semble exister des microARN bactériens (NAR 2005, 33:1040-50). Plus une unité de transcription est courte, plus la prédiction est délicate.

  15. Intégration, dans les outils de prédiction, des appariements non W-C.

  16. Répertorier les mécanismes antisens régulant l’expression d’ARNm afin d’établir les redondances, servant d’outils prédictifs

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