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VL Algorithmische BioInformatik (19710) WS2013/2014 Woche 16 - Mittwoch

VL Algorithmische BioInformatik (19710) WS2013/2014 Woche 16 - Mittwoch. Annkatrin Bressin Freie Universität Berlin. Vorlesungsthemen. Part 5: Secondary Structures (4) 11. Obtaining Secondary Structure from Sequence 12. Predicting Secondary Structures Part 6: Tertiary Structures (4)

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VL Algorithmische BioInformatik (19710) WS2013/2014 Woche 16 - Mittwoch

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Presentation Transcript

  1. VL Algorithmische BioInformatik (19710) WS2013/2014Woche 16 - Mittwoch Annkatrin BressinFreie Universität Berlin

  2. Vorlesungsthemen Part 5: Secondary Structures (4) 11. Obtaining Secondary Structure from Sequence 12. Predicting Secondary Structures Part 6: Tertiary Structures (4) 13. Modeling Protein Structure 14. Analyzing Structure-Function Relationships Part 7: Cells and Organisms (6) 15. Proteome and Gene Expression Analysis 17. Systems Biology Part 1: Background Basics (4) 1. The Nucleic Acid World 2. Protein Structure 3. Dealing with Databases Part 2: Sequence Alignments (3) 4. Producing and Analyzing Sequence Alignments 5. Pairwise Sequence Alignment and Database Searching 6. Patterns, Profiles, and Multiple Alignments Part 3: Evolutionary Processes (3) 7. Recovering Evolutionary History 8. Building Phylogenetic Trees Part 4: Genome Characteristics (4) 9. Revealing Genome Features 10. Gene Detection and Genome Annotation 2 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  3. Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Heute • Wiederholung der Vorlesungsthemen • Gliederung • Blöcke: • Part 1: Background Basics • Part 2: Sequence Alignments • Part 3: Evolutionary Processes • Part 4: Genome Characteristics • Part 5: Secondary Structures • Part 6: Tertiary Structures • Part 7: Cells and Organisms • Pro Block: • Themen / Mind-Maps der zugrundeliegenden Buchkapitel • Wichtigste Stichwörter der jeweiligen Vorlesungen als Word-Cloud • Beispiel-Fragen der Probeklausur

  4. Block 1 Background Basics Kapitel 1,2,3 Topics: 1. The Nucleic Acid World 2. Protein Structure 3. Dealing with Databases

  5. Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 1 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

  6. Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 2 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

  7. Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 3 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

  8. Woche 1 - Montag Einführung 8 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  9. Woche 1 - Mittwoch Wiederholung: Molekular-Biologische Grundlagen 9 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  10. Woche 2 - Montag Wiederholung: Proteinstrukturen, Einführung (biologische) Datenbanken 10 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  11. Woche 2 - Mittwoch Vertiefung: (Biologische) Datenbanken, Webservices, BioJava 11 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  12. Beispiel-Fragen

  13. Block 2 SequenceAlignments Kapitel 4,6 Topics: 4. Producing and Analyzing Sequence Alignments 5. Pairwise Sequence Alignment and Database Searching 6. Patterns, Profiles, and Multiple Alignments

  14. Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 4 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

  15. Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 6 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

  16. Woche 3 - Montag Wiederholung: SequenceAlignment 16 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  17. Woche 3 - Mittwoch Einführung: Patterns & Profiles 17 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  18. Beispiel-Fragen

  19. Block 3 EvolutionaryProcesses Kapitel 7,8 Topics: 7. Recovering Evolutionary History 8. Building Phylogenetic Trees

  20. Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 7 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

  21. Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 8 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

  22. Woche 4 - Mittwoch Einführung: Phylogenetische Bäume 22 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  23. Woche 5 - Montag Vertiefung: Phylogenetische Bäume EvolutionaryDistances, Generating Single Trees 23 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  24. Woche 5 - Mittwoch Vertiefung: Phylogenetische Bäume Generating Multiple TreeTopologies, Tree Evaluation 24 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  25. Woche 5 - 3 Vertiefung: Phylogenetische Bäume Statistical MethodsforTree Evaluation 25 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  26. Beispiel-Fragen

  27. Block 4 Genome Characteristics Kapitel 9,10 Topics: 9. Revealing Genome Features 10. Gene Detection and Genome Annotation

  28. Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 9 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

  29. Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 10 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

  30. Woche 6 - Montag Einführung: Gene Finding 30 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  31. Woche 6 - Mittwoch Vertiefung: Gene Detection in Prokaryotes 31 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  32. Woche 7 - Montag Vertiefung: Gene Detection in Eukaryotes 32 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  33. Woche 7 - Donnerstag Einführung: Genome Sequencing, Assembly and Comparison 33 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  34. Beispiel-Fragen

  35. Block 5 SecondaryStructures Kapitel 11,12 Topics: 11. Obtaining Secondary Structure from Sequence 12. Predicting Secondary Structures

  36. Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 11 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

  37. Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 12 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

  38. Woche 8 - Montag Einführung: Secondary Structure from Sequence 38 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  39. Woche 8 - Mittwoch Vertiefung: Statistical Methods for Secondary Structure Prediction 39 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  40. Woche 9 - Montag Guest Lecture: Repeat Resolution for Genome Assembly (Prof. Reinert) 40 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  41. Woche 9 - Mittwoch Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction 41 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  42. Woche 10 - Montag Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction, Prediction Methods for Special Secondary Structures 42 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  43. Woche 10 - Mittwoch Vertiefung: RNA SecondaryStructurePrediction 43 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  44. Beispiel-Fragen

  45. Block 6 TertiaryStructures Kapitel 13,14 Topics: 13. Modeling Protein Structure 14. Analyzing Structure-Function Relationships

  46. Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 13 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

  47. Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 14 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

  48. Woche 11 - Montag Einführung: Modeling Protein Structures, Potential Energy, Force Fields, Threading Homology Modeling 48 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  49. Woche 11 - Mittwoch Vertiefung: Homology Modeling 49 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

  50. Woche 12 - Montag Vertiefung: Threading 50 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

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