Epidemiologia della tubercolosi in Toscana

1. Epidemiologia della tubercolosi in Toscana

2. Il questionario

3. La rete dei laboratori • Laboratori di I livello • Invio dei campioni al rispettivo laboratorio di II livello per l’esecuzione della coltura • Laboratori di II livello • Conservazione di tutti i ceppi di M. tuberculosis complex • Raccolta delle notizie epidemiologiche • Invio di ceppi e schede al Laboratorio di III livello • Laboratorio di III livello • Esecuzione o completamento dell’identificazione • Eventuale esecuzione dell’antibiogramma • Conservazione dei ceppi • Elaborazione dei dati epidemiologici • Studio dei ceppi a livello molecolare (Univ. Pisa)

4. Gli aderenti • Tutte le Aziende dell’area fiorentina • Microbiologia Ospedale di Arezzo • Microbiologia Ospedale di Grosseto • Microbiologia Ospedale di Lucca • Microbiologia Università di Pisa • Malattie Infettive Ospedale di Pistoia • Malattie Infettive Ospedale di Prato • Microbiologia Università di Siena • Microbiologia Ospedale di Empoli

5. Pazienti per classe di età

6. Distribuzione in base al sesso

7. Le resistenze 1

8. Le resistenze 2

9. Sede della malattia

10. Paese di origine

11. HIV-status

12. Isolamenti per provincia

13. http//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htmhttp//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm

14. Epidemiologia molecolare • Ricerca di marcatori, all’interno del genoma del microorganismo, dotati di specificità di ceppo • Permette di ricostruire i flussi epidemici • Permette di raggruppare i ceppi in grandi “famiglie” che riflettono il cammino dell’evoluzione

15. Fingerprinting in base al IS6110

16. Alcuni pattern RFLP

17. RFLP: anno 2002 • Ceppi raccolti: 245 • Pattern RFLP: 215 • Cluster • di 2 ceppi: 19 • di 3 ceppi: 3 • di 4 ceppi: 1 • Nessun focolaio epidemico • Tre contaminazioni di laboratorio

18. Il locus DR (direct repeat)

19. DR DR DR DR DR DR DR DR DR DR DR DR 1 5 10 15 20 25 30 35 40 2 2 5 5 6 6 1 1 4 4 BCG DR 2 2 3 3 5 5 6 6 1 1 4 4 H37Rv DR spaziatore Il locus DR • Da 9 a 50 sequenze ripetute di 36 bp (DR) inframmezzate da sequenze non ripetute di 35-41 bp (spaziatori)

20. Spoligotyping BCG H37Rv X 5 10 15 20 25 30 35 40

21. I ceppi Beijing • I ceppi della famiglia Beijing hanno soltanto gli spaziatori 35-43 • Individuati 7 ceppi Beijing pari al 3% 5 10 15 20 25 30 35 40 H37Rv Beijing

22. 804 836 763 952 669 884 974 1 5 10 15 20 25 30 35 40 I ceppi Beijing

23. Isolato No. Paziente Età Sesso HIV Tubercolosi Farmaco-resistenza STR INH RIF ETH PZA 669 Cinese Polmonare S S S S S - 40/M 763 Cinese Polmonare S S S S S - 42/M 804 Cinese Polmonare n.t. S S S S - 23/F 836 Cinese Polmonare n.t. S S S S - 34/M 884 Italiano Extrapolmonare n.t. S S S S + 39/F 952 Italiano Polmonare n.t. R S S S - 28/F 974 Cinese Polmonare n.t. S S S S - 27/F I ceppi Beijing toscani

24. RFLP e spoligotyping • RFLP: interessa l’intero cromosoma • Alto potere discriminante • Impossibile l’impiego dell’amplificazione • Spoligotyping: interessa una porzione limitata de genoma • Ceppi diversi possono avere identico spoligotipo • Possibilità di ricorso all’amplificazione • Possibile compromesso: esecuzione dello spoligotyping su tutti i ceppi e approfondimento mediante RFLP su quelli risultati identici o “interessanti”

25. Raccomandazioni finali • Centralizzazione dell’esame colturale nei Laboratori di II livello • Coinvolgimento dei Laboratori che non hanno ancora aderito allo studio epidemiologico • Esecuzione dell’antibiogramma su tutti i nuovi isolati