Kolekcja szczepów bakteryjnych Narodowego Instytutu Leków (d. Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego) w Warszawie

1. Kolekcja szczepów bakteryjnychNarodowego Instytutu Leków (d. Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego)w Warszawie Janusz Fiett

2. Kolekcja założona w roku 1995 wCentralnym Laboratorium Surowic i Szczepionek kierowanym przez prof. Walerię Hryniewicz stanowiącym (po połączeniu z Instytutem Leków) część NIZP, a następnie NIL, w postaci: Zakładu Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej Zakładu Profilaktyki Zakażeń i Zakażeń Szpitalnych Zakładu Mikrobiologii Molekularneji Samodzielnej Pracowni Wirusologii Zespół prowadzi również dwaKrajowe Ośrodki Referencyjne

3. Kolekcja przez wiele lat finansowana ze środków Ministerstwa Zdrowia jako Specjalne Urządzenie Badawcze „MIKROBANK”

4. Znaczenie kolekcji Kolekcja jest unikatowym zbiorem tego typu nie tylko w skali kraju, ale i regionu Centralnej i Wschodniej Europy. Jest to jedyna kolekcja o takiej skali prowadzona na tym obszarze, w której znaczna część szczepów jest scharakteryzowana pod względem oporności na antybiotyki i chemioterapeutyki, a także zbadana metodami biologii molekularnej pod względem wzajemnego pokrewieństwa, posiadanych mechanizmów zjadliwości i oporności na leki

5. Podstawowe fakty (1) • Kolekcja liczy ponad 30000 izolatów: • międzynarodowe szczepy referencyjne (np. do kontroli podłoży, antybiogramów, mechanizmów oporności, cech biologicznych) • własne szczepy referencyjne • szczepy pozyskiwane w ramach krajowych i międzynarodowych programów monitorowania tzw. drobnoustrojów alarmowych tj. szczególnie niebezpiecznych dla zdrowia publicznego • szczepy izolowane z epidemii szpitalnych i pozaszpitalnych • szczepy z zakażeń bakteryjnych podlegających obowiązkowemu zgłaszaniu • szczepy scharakteryzowane genetycznie w ramach programów naukowych

6. Podstawowe fakty (2) • Bezpieczeństwo kolekcji staramy się zapewnić poprzez: • utrzymywanie kolekcji w głębokim zamrożeniu (-70oC) • bankowanie szczepów w 2, a w części w 4 powtórzeniach (każde w innej zamrażarce) • liofilizację szczepów najwrażliwszych i najcenniejszych • klimatyzację pomieszczenia zamrażarek • wykorzystanie systemów podtrzymywania temperatury poprzez rozprężanie CO2 • monitorowanie zasilania, temperatury pomieszczenia oraz pracy zamrażarek przez system alarmowy powiadamiający pracowników o awarii

7. Podstawowe fakty (3) • Wobec przychodzącego materiału: • sprawdzana jest czystość mikrobiologiczna • często potwierdzana jest przynależność gatunkowa • czyniony jest wpis do książki laboratoryjnej • szczep jest bankowany i wprowadzany do bazy danych kolekcji • określana jest lekowrażliwość (metodą krążkową lub poprzez określenie MIC) • ewentualnie prowadzona jest dalsza charakterystyka metodami serologicznymi i wykorzystującymi analizę DNA (PCR, sekwencjonowanie, RFLP, hybrydyzacja)

8. Problemy (1) • brak pracowników, których podstawowym zajęciem jest utrzymanie kolekcji • brak informatyka stale i na bieżąco współpracującego z pracownikami związanymi z kolekcją • brak awaryjnej, pustej zamrażarki

9. Problemy (2) • trudności z dostosowaniem struktury bazy danych do rzeczywistej różnorodności napływającego materiału • skłonność pracowników do „chomikowania swoich danych” – umieszczanie i analiza szczegółowych danych w rozproszonych plikach Excela

10. Problemy (3) • opóźnienia w indeksowaniu przez GBIF wprowadzonych rekordów • pogorszenie dostępu do danych za pośrednictwem strony GBIF (?!); dostarczone dane o szczepach są obecnie „okrojone”

11. Sukcesy i osiągnięcia • kolekcja istnieje już 12 lat • stopień bezpieczeństwa kolekcji można uznać za satysfakcjonujący • pracownicy zespołu prowadzą • Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Diagnostyki Bakteryjnych Zakażeń Ośrodkowego Układu Nerwowego • Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów • współtworzymy Ogólnopolską Siecią Monitorowania Oporności Drobnoustrojów oraz Optymalizacji Profilaktyki i Terapii Zakażeń (OPTY) • współpracujemy z Ośrodkiem Badania Jakości w Diagnostyce Mikrobiologicznej (udostępnianie szczepów z kolekcji oraz konsultacje na potrzeby przeglądów)

12. Współpraca z KSIB/GBIF • w bazie zewnętrznej, z której dane udostępniane są za pośrednictwem GBIF umieszczono informacje o 4086 izolatach bakteryjnych • Dostępne (indeksowane) są 2483

13. Wybrane istotne publikacje w roku 2007 Sadowy E, Izdebski R, Skoczynska A, Grzesiowski P, Gniadkowski M, Hryniewicz W. Phenotypic and molecular analysis of penicillin-nonsusceptible Streptococcus pneumoniae isolates in Poland.Antimicrob Agents Chemother. 2007 Jan;51(1):40-7. Kawalec M, Pietras Z, Danilowicz E, Jakubczak A, Gniadkowski M, Hryniewicz W, Willems RJ. Clonal structure of Enterococcus faecalis isolated from Polish hospitals: the characterization of epidemic clones. J Clin Microbiol. 2007 Jan;45(1) Livermore DM, Canton R, Gniadkowski M, Nordmann P, Rossolini GM, Arlet G, Ayala J, Coque TM, Kern-Zdanowicz I, Luzzaro F, Poirel L, Woodford N. CTX-M: changing the face of ESBLs in Europe. J Antimicrob Chemother. 2007 Feb;59(2):165-74. Izdebski R, Sadowy E, Fiett J, Grzesiowski P, Gniadkowski M, Hryniewicz W. Clonal diversity and resistance mechanisms in tetracycline-nonsusceptible Streptococcus pneumoniae isolates in Poland.Antimicrob Agents Chemother. 2007 Apr;51(4):1155-63.

14. Wybrane istotne publikacje w roku 2007 Skoczyńska A, Kadłubowski M, Waśko I, Fiett J, Hryniewicz W. Resistance patterns of selected respiratory tract pathogens in Poland. Clin Microbiol Infect. 2007 Apr;13(4):377-83. Empel J, Filczak K, Mrówka A, Hryniewicz W, Livermore DM, Gniadkowski M. Outbreak of Pseudomonas aeruginosa infections with PER-1 extended-spectrum beta-lactamase in Warsaw, Poland: further evidence for an international clonal complex.J Clin Microbiol. 2007 Sep;45(9):2829-34. Kawalec M, Kedzierska J, Gajda A, Sadowy E, Wegrzyn J, Naser S, Skotnicki AB, Gniadkowski M, Hryniewicz W. Hospital outbreak of vancomycin-resistant enterococci caused by a single clone of Enterococcus raffinosus and several clones of Enterococcus faecium.Clin Microbiol Infect. 2007 Sep;13(9):893-901.