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Foire aux questions

FAQ. Foire aux questions. Jean-François Dufayard , Marilyne Summo , Felix Homa. Ajout de fichier. Détection automatique de format de fichier. Problème Vous avez ajouté un fichier dont le format n’a pas été reconnu ( roadmaps ). Solution

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Presentation Transcript

  1. FAQ Foire aux questions Jean-François Dufayard, Marilyne Summo, Felix Homa

  2. Ajout de fichier

  3. Détection automatique de format de fichier • Problème • Vous avez ajouté un fichier dont le format n’a pas été reconnu (roadmaps) • Solution • (1) Cliquez sur le stylo et (2) changer le format (change data type  new type) 1 2

  4. Liens cassés • Problème • Un de mes fichiers Galaxy dont l’accès m’a été donné à partir des Librairies partagées n’est plus accessible (bug à une exécution) • Explication • Le fichier correspond à un lien symbolique qui a été rompu • Solution • Remettre le fichier déplacé ou supprimé à son emplacement d’origine • Supprimer et recréer un nouveau lien symbolique valide

  5. Taille limite de fichier • Chaque processus est limité à 6 Go de RAM => Limite de taille implicite pour les fichiers en entrées • Pas de limite pour le stockage (pour l’instant) • Supprimez les historiques dont vous n’avez plus besoin

  6. Historiques

  7. Nommage des historiques • Donner des noms explicites • Plusieurs historiques peuvent avoir le même nom

  8. Fichiers cachés • Les fichiers cachés apparaissent • Lors de la suppression d’un fichier • Après l’exécution d’un workflow

  9. Suppression de l’historique courant • Delete • Suppression réversible. • Deletepermanently • Suppression définitive

  10. Suppression des historiques

  11. Affichez les historiques supprimés

  12. Copier les données de l’historique vers le server • Veuillez contacter le service bioinformatique

  13. Workflows

  14. Fichier de sortie Si rien n’est coché tout est coché

  15. Briques manquantes • Ne pas essayer de modifier le workflow • Contacter la plateforme bioinformatique

  16. QCM pour un champion

  17. Je dispose de données NGS sur mon pc que j’aimerais analyser via galaxy, que faire ? • Je commence par charger les fichiers dans un nouvel historique • J’attends que quelqu’un me contacte • Je contacte l’équipe ID • Je contacte l’équipe ID

  18. J’ai un workflow tellement génial que… • Je le partage immédiatement avec tout le monde • Je le partage immédiatement avec tout le monde • Je le garde que pour moi • Je le garde que pour moi • Je le partage uniquement avec mes amis/collègues • Je le partage uniquement avec mes amis/collègues

  19. J’ai besoin d’un outils qui n’est pas sur galaxy • Tant pis, Je cherche un autre galaxy • Je brule un cierge et j’attends • Je me renseigne auprès de mes collègues et en cas de besoin, je contacte l’équipe Bioinformatique • Je me renseigne auprès de mes collègues et en cas de besoin, je contacte l’équipe Bioinformatique

  20. J’utilise un outil que je ne connais pas du tout… • Pas grave, je laisse les valeurs par défauts • Je lis la documentation associée • Je lis la documentation associée • Je me renseigne auprès de mes collègues • Je me renseigne auprès de mes collègues • Allo les bioinfos… • Allo les bioinfos…

  21. J’ai plusieurs historiques de plus de 20Go • Classe, c’est la preuve que je m’investis beaucoup dans mon travail • Je suis courtois, je supprime pour faire de la place aux autres • Je demande à archiver les fichiers essentiels avant de supprimer • Je demande à archiver les fichiers essentiels avant de supprimer

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