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XRCC1, un élément clef de la réparation des lésions de l’ADN couplée à la réplication. Thèse présentée pour obtenir le grade de Docteur de l’Université Louis Pasteur – Strasbourg I. Nicolas Lévy 22 novembre 2007.
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XRCC1, un élément clef de la réparation des lésions de l’ADN couplée à la réplication Thèse présentée pour obtenir le grade de Docteur de l’Université Louis Pasteur – Strasbourg I Nicolas Lévy 22 novembre 2007 Thèse réalisée au sein du département Intégrité Du Génome de l’ UMR 7175, ESBS, sous la direction de Josiane et Gilbert de Murcia Dessin de N.Bouvier pour G.Almouzni
Introduction : • Les différents types de lésions de l’ADN • La réparation des cassures simple-brin de l’ADN : PARP-1 et XRCC1 • La réparation des cassures double-brin de l’ADN : le NHEJ • La réplication de l’ADN : le complexe Pol a-primase • Un rôle pour XRCC1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN ? • Résultats : • Identification de nouveaux partenaires protéiques du domaine BRCT1 de XRCC1 • XRCC1 interagit avec la sous-unité p58 de l’ADN primase pour freiner la réplication des ADN endommagés • XRCC1 est phosphorylé par DNA-PK en réponse aux dommages dans l’ADN • Discussion et perspectives : • XRCC1 et PARP-1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN • XRCC1 et PARP-1 dans les thérapies anticancéreuses • Introduction : • Les différents types de lésions de l’ADN • La réparation des cassures simple-brin de l’ADN : PARP-1 et XRCC1 • La réparation des cassures double-brin de l’ADN : le NHEJ • La réplication de l’ADN : le complexe Pol a-primase • Un rôle pour XRCC1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN ? • Résultats : • Identification de nouveaux partenaires protéiques du domaine BRCT1 de XRCC1 • XRCC1 interagit avec la sous-unité p58 de l’ADN primase pour freiner la réplication des ADN endommagés • XRCC1 est phosphorylé par DNA-PK en réponse aux dommages dans l’ADN • Discussion et perspectives : • XRCC1 et PARP-1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN • XRCC1 et PARP-1 dans les thérapies anticancéreuses
Les différents types de lésions de l’ADN Réactions spontannées Agents alkylants Radicaux oxygénés Rayons X Rayons UV Rayons X Radiomimétiques Erreurs de la réplication Modification de base: Désamination spontanée, Alkylation, Oxydation Dimère de thymine Site abasique Cassure simple-brin (SSB) Cassure double-brin (DSB) Nucléotides mésappariés G T DSBR: NHEJ HR NER MMR BER SSBR Adapté de D.M.Wilson III et al., Encyclopedia of RespiratoryMedicine, Ed. Elsevier, 2005
Introduction : • Les différents types de lésions de l’ADN • La réparation des cassures simple-brin de l’ADN : PARP-1 et XRCC1 • La réparation des cassures double-brin de l’ADN : le NHEJ • La réplication de l’ADN : le complexe Pol a-primase • Un rôle pour XRCC1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN ? • Résultats : • Identification de nouveaux partenaires protéiques du domaine BRCT1 de XRCC1 • XRCC1 interagit avec la sous-unité p58 de l’ADN primase pour freiner la réplication des ADN endommagés • XRCC1 est phosphorylé par DNA-PK en réponse aux dommages dans l’ADN • Discussion et perspectives : • XRCC1 et PARP-1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN • XRCC1 et PARP-1 dans les thérapies anticancéreuses
5' P OH 5' FEN1 PARP-1 PNK Polß PARP-2 Polß Réparation des cassures simple-brin de l’ADN (SSBR) • Reconnaissance de la base endommagée APE1 XRCC1 P OH • Reconnaissance de la cassure simple-brin (SSB) PARP-1 5' P OH 5' • Recrutement de XRCC1 assemblage du complexe de réparation XRCC1 Lig3 g-Rays, ROS... OH P PNK • Traitement des extrémités de la lésion XRCC1 Lig3 PARP-1 • Remplissage de la brèche PARP-2 Lig3 XRCC1 Lig3 XRCC1 • Ligation des extrémités de la lésion Adapté de Whitehouse et al. (2001) Cell 104, 107-117
LA famille PARP Schreiber et al., Nature Reviews, 2006
La réaction de poly(ADP-ribosyl)ation Schreiber et al., Nature Reviews Mol. Cell. Biol., 2006 PARP-1 Poly(ADP-ribose) (PAR) ADN
Les rôles de la poly(ADP-ribosyl)ation PARylation des histones Schreiber et al., Nature Reviews Mol. Cell. Biol., 2006
X-ray Repair Cross Complementing group 1, XRCC1 • Protéine sans activité enzymatique : rôle de plateforme d’interaction et d’organisation • Deux domaines homologues à l’extrémité C-terminale de BRCA1 (BRCT) • Recrutée en quelques secondes au niveau des coupures de l’ADN sur le PAR synthétisé par PARP-1 Recrutement de XRCC1 au niveau des lésions de l’ADN Anti-PAR Anti-XRCC1 DAPI + merge
Introduction : • Les différents types de lésions de l’ADN • La réparation des cassures simple-brin de l’ADN : PARP-1 et XRCC1 • La réparation des cassures double-brin de l’ADN : le NHEJ • La réplication de l’ADN : le complexe Pol a-primase • Un rôle pour XRCC1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN ? • Résultats : • Identification de nouveaux partenaires protéiques du domaine BRCT1 de XRCC1 • XRCC1 interagit avec la sous-unité p58 de l’ADN primase pour freiner la réplication des ADN endommagés • XRCC1 est phosphorylé par DNA-PK en réponse aux dommages dans l’ADN • Discussion et perspectives : • XRCC1 et PARP-1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN • XRCC1 et PARP-1 dans les thérapies anticancéreuses
Réparation des cassures double-brin de l’ADN (DSBR) • Cassures double-brin de l’ADN (DSB): • Hautement toxiques pour la cellule : pertes de fragments de chromosomes, translocations... • Directes (rayonnements ionisants, drogues radiomimétiques) • Indirectes (réplication d’un ADN endommagé) • Deux voies de réparation des DSB: • Recombinaison homologue (RH) : phases S tardive et G2 du cycle cellulaire • Recombinaison non homologue (NHEJ) : tout au long du cycle cellulaire HR NHEJ Rothkam et al., Mol. Cel. Biol., 2003
Réparation des cassures double-brin de l’ADN (DSBR) par NHEJ Ku70/Ku80 • Reconnaissance du DSB par Ku70/Ku80, sous-unités de DNA-PK DNA-PKcs DNA-PK • Fixation de DNA-PKcs, assemblage de l’holoenzyme DNA-PK • Alignement des deux extrémités de la lésion • Ligation finale des deux extrémités de la cassure double-brin LigIV/XRCC4/XLF Helleday et al., DNA Repair, 2007
Introduction : • Les différents types de lésions de l’ADN • La réparation des cassures simple-brin de l’ADN : PARP-1 et XRCC1 • La réparation des cassures double-brin de l’ADN : le NHEJ • La réplication de l’ADN : le complexe Pol a-primase • Un rôle pour XRCC1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN ? • Résultats : • Identification de nouveaux partenaires protéiques du domaine BRCT1 de XRCC1 • XRCC1 interagit avec la sous-unité p58 de l’ADN primase pour freiner la réplication des ADN endommagés • XRCC1 est phosphorylé par DNA-PK en réponse aux dommages dans l’ADN • Discussion et perspectives : • XRCC1 et PARP-1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN • XRCC1 et PARP-1 dans les thérapies anticancéreuses
Réplication de l’ADN • Duplication fidèle du matériel génétique de la cellule avant sa division • Deux étapes principales : initiation et élongation • Initiation : synthèse d’un oligonucléotide ARN/ADN servant d’amorce aux ADN polymérases réplicatives • Elongation : recrutement de l’anneau de processivité PCNA et des ADN polymérase réplicatives hautement fidèles et processives Brin discontinu Initiation Brin continu Elongation
Le complexe ADN polymérase a-primase • Complexetetramérique chargé de la synthèse des amorcesd’ARN/ADN nécessaires à l’initiation de la réplication et à la synthèse des fragments d’Okazaki • L’ADN primase p48-p58 synthétise la portion ARN des amorces • L’ADN polymérase a synthétise la portion ADN des amorces • L’ADN primase agit comme frein moléculaire au cours de la réplication de l’ADN (Jong-Bong Lee et al., Nature 439, 621-624) • p58 est la sous-unité régulatrice de l’ADN primase eucaryote Arezi et al., TIBS, 2000
Introduction : • Les différents types de lésions de l’ADN • La réparation des cassures simple-brin de l’ADN : PARP-1 et XRCC1 • La réparation des cassures double-brin de l’ADN : le NHEJ • La réplication de l’ADN : le complexe Pol a-primase • Un rôle pour XRCC1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN ? • Résultats : • Identification de nouveaux partenaires protéiques du domaine BRCT1 de XRCC1 • XRCC1 interagit avec la sous-unité p58 de l’ADN primase pour freiner la réplication des ADN endommagés • XRCC1 est phosphorylé par DNA-PK en réponse aux dommages dans l’ADN • Discussion et perspectives : • XRCC1 et PARP-1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN • XRCC1 et PARP-1 dans les thérapies anticancéreuses
Un rôle pour XRCC1 dans le coordination entre réparation et réplication de l’ADN ? • Les cellules EM9 déficientes en XRCC1 présentent 12x plus d’échanges de chromatides sœurs (SCE) que les cellules sauvages (Dillehay et al., Mutat. Res., 1983) • La mutation du domaine BRCT1 entraîne une diminution de la survie des cellules après traitement au MMS (Taylor et al., Mol. Cell. Biol., 2002) • La mutation du domaine BRCT1 entraîne un défaut de redémarrage de la synthèse d’ADN après traitement au MMS (Kubota et al., Nucl. Acids Res., 2003) • XRCC1 interagit avec l’anneau de processivité PCNA et colocalise avec cette protéine au niveau des foyers de réplication (Fan et al., Nucl. Acids Res., 2004) • Les cellules traitées par ARN interférence dirigé contre XRCC1 s’accumulent en phase S 24h après traitement au MMS (Brem et al., Nucl. Acids Res., 2005)
Introduction : • Les différents types de lésions de l’ADN • La réparation des cassures simple-brin de l’ADN : PARP-1 et XRCC1 • La réparation des cassures double-brin de l’ADN : le NHEJ • La réplication de l’ADN : le complexe Pol a-primase • Un rôle pour XRCC1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN ? • Résultats : • Identification de nouveaux partenaires protéiques du domaine BRCT1 de XRCC1 • XRCC1 interagit avec la sous-unité p58 de l’ADN primase pour freiner la réplication des ADN endommagés • XRCC1 est phosphorylé par DNA-PK en réponse aux dommages dans l’ADN • Discussion et perspectives : • XRCC1 et PARP-1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN • XRCC1 et PARP-1 dans les thérapies anticancéreuses
Identification de nouveaux partenaires protéiques du domaine BRCT1 de XRCC1 • Surexpression du domaine BRCT1 de XRCC1 en fusion avec la GST dans E. coli • Immobilisation sur colonne de GSH-sepharose • Incubation avec extraits protéiques des cellules HeLa • Elution du GST-BRCT1 et des partenaires co-purifiés • Séparation des protéines par SDS-PAGE et analyse par spectrométrie de masse GST- BRCT1 GST DNA-PKcs PARP-1 p58 Dimère de GST GST-BRCT1 PCNA GST
Introduction : • Les différents types de lésions de l’ADN • La réparation des cassures simple-brin de l’ADN : PARP-1 et XRCC1 • La réparation des cassures double-brin de l’ADN : le NHEJ • La réplication de l’ADN : le complexe Pol a-primase • Un rôle pour XRCC1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN ? • Résultats : • Identification de nouveaux partenaires protéiques du domaine BRCT1 de XRCC1 • XRCC1 interagit avec la sous-unité p58 de l’ADN primase pour freiner la réplication des ADN endommagés • XRCC1 est phosphorylé par DNA-PK en réponse aux dommages dans l’ADN • Discussion et perspectives : • XRCC1 et PARP-1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN • XRCC1 et PARP-1 dans les thérapies anticancéreuses
XRCC1 et p58 interagissent in vitro a 1-170 170-428 282-428 314-428 427-633 b c GST-XRCC1 d GST a b c d e WB e XRCC1 interagit avec la sous-unité p58 de l’ADN primase après traitement à l’hydroxyurée Le domaine BRCT1 de XRCC1 est suffisant pour l’interaction avec p58
XRCC1 interagit avec la moitié N-terminale de p58 XRCC1 p58 N C NLS 1 6 12 G266 509 Amido black Far western blot Anti-XRCC1
XRCC1 et p58 interagissent in vivo -HU +HU DAPI+Merge XRCC1 p58 XRCC1 et p58 colocalisent dans les foyers de réplication des cellules traitées par hydroxyurée
Le poly(ADP-ribose) et l’ADN sont en compétition pour un même site de fixation sur p58 par sa moitié N-ter p58 lie le PAR Test de mobilité électrophorétique: Le PAR et l’ADN sont en compétition pour un même site de fixation sur p58 Le PAR inhibe la liaison de p58 à l’ADN substrat
La fixation de PAR par p58 inhibe l’activité primase de p48-p58 in vitro Influence du PAR sur l’activité primase La liaison du PAR à p58 inhibe fortement l’activité primase du complexe p48-p58
Les cellules surexprimant le domaine BRCT1 de XRCC1 présentent des niveaux élevés de PAR DAPI GFP-BRCT1 Anti-PAR Colocalisation +H2O2 Contrôle Les cellules surexprimant le domaine BRCT1 de XRCC1 présentent une forte automodification de PARP-1 et une forte hétéromodification de XRCC1 au niveau de son domaine BRCT1 Les cellules surexprimant le domaine BRCT1 de XRCC1 présentent des niveaux significatifs de PAR nucléaire en absence de traitement, et des niveaux très élevés de PAR après endommagement de l’ADN
XRCC1 est nécessaire à la progression des fourches de réplication sur un ADN endommagé 2n 4n 2n 4n La surexpression du domaine BRCT1 de XRCC1 perturbe fortement la progression des cellules à travers le cycle cellulaire, après traitement au MNU
La surexpression du domaine BRCT1 de XRCC1 inhibe la progression des fourches de réplication sur un ADN endommagé La surexpression du domaine BRCT1 de XRCC1 entraîne une accumulation des cellules en début de phase S : la réplication est inhibée, ralentie
Microinjection, Extraits d’œufs , Réplication in vitro Le modèle Xenopus laevis • Xenopus laevis: • Allotétraploïde • 36 chromosomes • 20-22°c température optimale de croissance • ♀11cm /♂6cm • œufs 1,2-1,3 mm Ø • 1000 à 6000 œufs/ponte • temps de génération • >2 ans
Extraits d’oeufs de xénope Formation d’une Membrane nucléaire Cycle unique et complet de réplication de l’ADN ADN matrice Addition de protéines recombinantes (BRCT1 / BRCT2) Système acellulaire : Immunodeplétion (anticorps anti-XRCC1) Traitement de la chromatine par des agents génotoxiques Utilisation d’inhibiteurs PARP/PARG Réplication de l’ADN dans les extraits d’œufs de xénope • Analyse des cinétiques de réplication • Analyse des protéines (WB, IF) • Analyse de la taille des ADN synthétisés
Xenopus egg extracts HeLa cells @XRCC1 Pc souris A Xenopus egg extracts HeLa cells @PARP1 Pc souris EGT69 XRCC1 est une protéine fortement conservée au cours de l’évolution ~ 80% d’homologie de séquence entre la protéine humain et celle de xénope > 90% d’identité de séquence au niveau du domaine BRCT1
X.l. XRCC1 BRCT1 ralentit la réplication des ADN endommagés Tailles des ADN répliqués Analyse des cinétiques de réplication de l’ADN Chromatine non traitée Chromatine traitée MMS Analyse de la taille des ADN répliqués sur gel alcalin L’addition de GST-BRCT1 recombinant dans les extraits d’œufs de xénope freine la réplication des ADN endommagés
X.l. XRCC1 BRCT1 bloque l’initiation de la réplication des ADN endommagés Accumulation de complexes de pré-initiation Défaut d’association de PCNA sur la chromatine Inhibition de l’initiation de la réplication
L’inhibition de la réplication des ADN endommagés par XRCC1 BRCT1 est dépendant de sa PARylation + GST + GST-BRCT1 + inhibiteur PARP KU0058948 +GST-BRCT1 Analyse des cinétiques de réplication de la chromatine endommagée au MMS L’inhibition de la réplication des ADN endommagés par le domaine BRCT1 de XRCC1 dépend de sa modification par PARP-1
Modèle : XRCC1 interagit avec p58 pour freiner la réplication des ADN endommagés afin de préserver l’intégrité du génome
Introduction : • Les différents types de lésions de l’ADN • La réparation des cassures simple-brin de l’ADN : PARP-1 et XRCC1 • La réparation des cassures double-brin de l’ADN : le NHEJ • La réplication de l’ADN : le complexe Pol a-primase • Un rôle pour XRCC1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN ? • Résultats : • Identification de nouveaux partenaires protéiques du domaine BRCT1 de XRCC1 • XRCC1 interagit avec la sous-unité p58 de l’ADN primase pour freiner la réplication des ADN endommagés • XRCC1 est phosphorylé par DNA-PK en réponse aux dommages dans l’ADN • Discussion et perspectives : • XRCC1 et PARP-1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN • XRCC1 et PARP-1 dans les thérapies anticancéreuses
Identification de nouveaux partenaires protéiques du domaine BRCT1 de XRCC1 • Surexpression du domaine BRCT1 de XRCC1 en fusion avec la GST dans E. coli • Immobilisation sur colonne de GSH-sepharose • Incubation avec extraits protéiques des cellules HeLa • Elution du GST-BRCT1 et des partenaires co-purifiés • Séparation des protéines par SDS-PAGE et analyse par spectrométrie de masse GST- BRCT1 GST DNA-PKcs PARP-1 p58 Dimère de GST GST-BRCT1 PCNA GST
DNA-PK interagit avec le domaine BRCT1 de XRCC1 a 1-170 170-428 282-428 314-428 427-633 b c GST a b c d e GST-XRCC1 d e Far western blot Anti-XRCC1 XRCC1 interagit avec les 3 sous-unités de DNA-PK DNA-PK interagit avec le domaine BRCT1 de XRCC1
XRCC1 est phosphorylé par DNA-PK sur son domaine BRCT1 en réponse aux rayons ionisants a 1-170 170-428 282-428 314-428 427-633 b GST a b c d e c GST-XRCC1 d e Le domaine BRCT1 de XRCC1 est phosphorylé in vivo par DNA-PK en réponse aux rayonnements ionisants Le domaine BRCT1 de XRCC1 est phosphorylé in vitro par DNA-PK
XRCC1 est phosphorylé par DNA-PK au niveau de sa sérine 371 DNA-PK S371 Un seul motif potentiel de phosphorylation par DNA-PK de type SQ au sein du domaine BRCT1 de XRCC1 : SQ 371/372 La sérine 371 de XRCC1 constitue le site de phosphorylation par DNA-PK
XRCC1 XRCC1 dimérise via son domaine BRCT1 et la phosphorylation de la sérine 371 entraîne la dissociation du dimère XRCC1 a 1-170 170-428 282-428 314-428 427-633 b c GST-XRCC1 La phosphorylation de la sérine 371 entraîne la dissociation du dimère XRCC1 d e DNA-PK P P Le domaine BRCT1 de XRCC1 est une interface de dimérisation XRCC1 XRCC1 BRCT1 BRCT1
P53 P S15 GST Le dimère XRCC1 stimule l’activité kinase de DNA-PK in vitro XRCC1 stimule fortement l’activité kinase de DNA-PK C’est la forme dimère de XRCC1 qui possède cette capacité à stimuler DNA-PK
Le mutant S371L de XRCC1 entraîne la persistance de cassures double-brin de l’ADN EM9 XRCC1 wt EM9 XRCC1 S371L EM9 (Déficientes en XRCC1) NT 1Gy/1H Immunofluorescence: anti-gH2AX Foyers gH2AX = sites de cassures double-brin de l’ADN Le mutant non phosphorylable S371L de XRCC1 entraîne une persistance des DBS alors qu’il est capable de stimuler l’activité kinase de DNA-PK Le dimère XRCC1 est capable de stimuler l’activité kinase de DNA-PK, mais sa dissociation est importante pour la suite du mécanisme de réparation des DSB
Modèle : XRCC1 agit comme commutateur entre les voies de SSBR et DSBR
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XRCC1 et PARP-1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN XRCC1 interagit avec la sous-unité p58 du complexe ADN polymérase a-primase pour freiner la réplication des ADN endommagés XRCC1 est phosphorylé par DNA-PK et stimule l’activité de cette kinase pour favoriser la réparation des DSB générés lors de la réplication de l’ADN PARP-1 interagit avec l’ADN polymérase a et inhibe son activité en l’hétéromodifiant (Eki et al., FEBS Letters , 1994; Simbulan-Rosenthal et al., Biochemistry, 1996; Dantzer et al., Nucl. Acids Res., 1998) PARP-1 interagit avec DNA-PK et stimule son activité kinase en l’hétéromodifiant (Ruscetti et al., J. Biol. Chem., 1998) XRCC1 et PARP-1 forment un couple étroitement lié et agissent de façon synergique pour inhiber la réplication des ADN endommagés et pour organiser la transition entre SSBR et DSBR
XRCC1 et PARP-1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN
Introduction : • Les différents types de lésions de l’ADN • La réparation des cassures simple-brin de l’ADN : PARP-1 et XRCC1 • La réparation des cassures double-brin de l’ADN : le NHEJ • La réplication de l’ADN : le complexe Pol a-primase • Un rôle pour XRCC1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN ? • Résultats : • Identification de nouveaux partenaires protéiques du domaine BRCT1 de XRCC1 • XRCC1 interagit avec la sous-unité p58 de l’ADN primase pour freiner la réplication des ADN endommagés • XRCC1 est phosphorylé par DNA-PK en réponse aux dommages dans l’ADN • Discussion et perspectives : • XRCC1 et PARP-1 dans la coordination entre réparation et réplication de l’ADN • XRCC1 et PARP-1 dans les thérapies anticancéreuses
XRCC1 et PARP-1 dans les thérapies anticancéreuses Chimiothérapies, radiothérapies : endommagement de l’ADN de cellules tumorales pour provoquer leur mort. Limites : effets secondaires sur les cellules saines de l’organisme, résistance des tumeurs Inhibition des voies de réparation de l’ADN : potentialisation des traitements anticancéreux Inhibiteurs PARP : potentialisation des traitements par irradiation effet important sur les tumeurs liées à BRCA1/2 Bryant et al., Nature, 2005 G. Noël et al., Mol. Cancer Ther., 2006
XRCC1 et PARP-1 dans les thérapies anticancéreuses Inhibition des fonctions du domaine BRCT1 de XRCC1 : perturbation de la prise en charges de lésions au cours de la réplication ainsi que du NHEJ Aptamère (court oligonucléotide à structure tridimensionnelle complexe) : Forte affinité pour une cible protéique spécifique Inhibition des fonctions de la cible liée Peptide inhibiteur, se liant en dominant négatif au domaine BRCT1 de XRCC1 et empêchant les interactions protéiques normalement assurées par ce domaine • Accumulation importante de lésions dans l’ADN • Ciblage spécifique des cellules tumorales en prolifération