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Calcul distribué pour l'imagerie médicale

Calcul distribué pour l'imagerie médicale. JRES’11. Sorina Pop Rafael Silva Tristan Glatard. Sommaire. Introduction La plateforme Amélioration des performances Résultats Conclusion. Introduction. Besoins Partage d’applications et des données Ressources pour le calcul et le stockage

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Calcul distribué pour l'imagerie médicale

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Presentation Transcript

  1. Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES’11 Sorina Pop Rafael Silva Tristan Glatard

  2. Sommaire • Introduction • La plateforme • Amélioration des performances • Résultats • Conclusion

  3. Introduction • Besoins • Partage d’applications et des données • Ressources pour le calcul et le stockage • Applications cibles • Simulations (images et radiothérapie) • Etudes paramétriques • Ressources distribuées et hétérogènes • Grille EGI (VO biomed) : 1,5 PB de stockage et plus de150 clusters • Clusters locaux • Parallélisation • Balayage de paramètres • Découpage des entrées • Partitionnement du nombre d’événements en plusieurs taches indépendantes (Monte-Carlo)

  4. Sommaire • Introduction • La plateforme • Amélioration des performances • Résultats • Conclusion

  5. Fonctionnalités • Gestion des droits d’utilisateurs • Accès aux applications • Accès aux données • Transfert de fichiers • Gestion d'espaces privés et partagés. • Exécution et suivi de workflows de traitement d’image • Accès à des statistiques de performance et utilisation • Catalogue et visualisation de modèles 3D

  6. Exécution Web browser

  7. Sommaire • Introduction • La plateforme • Amélioration des performances • Résultats • Conclusion

  8. Equilibrage de charge (I) Worker : Simule P/n particules Parallélisation statique d'une simulation GATE. Les tâches les plus longues (échouées et re-soumises) pénalisent l'ensemble de la simulation.

  9. Equilibrage de charge (II) Worker : Tant que “stop” non reçu: Simule 1 particule Fin tant que Master : Tant que p ≠ P p ←# particules simulées Fin tant que Stoppe tous les workers Parallélisation dynamique d'une simulation Gate. Les temps de terminaison des tâches sont sensiblement identiques et les erreurs n'ont pas besoin de re-soumission. Figure 2: Parallélisation dynamique d'une simulation Gate. Les temps de terminaison des tâches sont sensiblement identiques et les erreurs n'ont pas besoin de re-soumission.

  10. Sommaire • Introduction • La plateforme • Amélioration des performances • Résultats • Conclusion

  11. Utilisation Activité des principales applications du 01/01/11 au 01/09/11 • 70 utilisateurs enregistrés • Une quinzaine d’utilisateurs réguliers • Une dizaine d’applications en production

  12. Exemples de résultats Etude paramétrique de la perfusion hépatique Simulation avec le logiciel GATE. Simulation échocardiographique obtenue avec le logiciel FIELD-II

  13. Conclusion • La grille comme outil quotidien • De plus en plus d’utilisateurs et d’applications • A améliorer • Ordonnancement des dernières tâches • Gestion de données • Faciliter le portage de nouvelles applications • Accès : https://vip.creatis.insa-lyon.fr • Applications existantes • Portage de nouvelles applications • Accès aux ressources de la VO biomed • http://wiki.healthgrid.org/LSVRC:Biomed

  14. Remerciements • Projets ANR • Radiotherapy simulation: hGATE (2010-2012) • Image simulation: VIP (2010-2012) • France-Grilles • MOTEUR2 • Johan Montagnat ; CNRS I3S • Pilot jobs • Jakub T. Moscicki ; CERN • A. Tsaregorodtsev, V. Hammar ; CPPM • EGI support • https://gus.fzk.de

  15. Merci pour votre attention! Questions?

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