ALINHAMENTOS LOCAIS E SEMI-GLOBAIS

1. ALINHAMENTOS LOCAIS E SEMI-GLOBAIS Katia Guimarães

2. Montagem de Fragmentos Dadas duas cadeias de comprimentos similares, identificar “boas similaridades” entre o início de uma e o final da outra, ou vice-versa. Ex: - - - - - - - - CAGCACTTGGATTAGAC TACCTGCGCAGCG - TTG --- --- --- Teremos 7 matches, 1 mismatch e 17 spaces. katia@cin.ufpe.br

3. Tentando Alinhamento Global Considerando toda a cadeia (ALINH. GLOBAL): TA - C - CTGCGCAGCGTGG - CAGCACT - TGGA – TTAGAC Teremos 7 matches, 7 mismatches e 5 spaces Levando a um score global de –3. katia@cin.ufpe.br

4. Alinhamento Semi-global - - - - - - - - CAGCACTTGGATTAGAC TACCTGCGCAGCG - TTG --- --- --- Se não considerarmos os custos dos gaps iniciais e finais, este alinhamento teria apenas: 7 matches, 1 mismatch e 1 space, dando um score de 11. katia@cin.ufpe.br

5. Achando o alinhamento semi-global Para não computar o custo dos espaços iniciais em s, o que precisamos fazer? Ex: s = - - - - - - - - CAGCA t = TACCTGCGCAGCG katia@cin.ufpe.br

6. Achando o alinhamento semi-global Para não computar os espaços iniciais em s, precisamos não computar o custo dos gaps iniciais. Ex: s = - - - - - - - - CAGCA t = TACCTGCGCAGCG Como obter este efeito na tabela? katia@cin.ufpe.br

7. Achando o alinhamento semi-global Ex: s = - - - - - - - - CAGCA t = TACCTGCGCAGCG Para não computar as inserções no início do alinhamento, incializaremos a primeira linha com zeros. katia@cin.ufpe.br

8. Achando o alinhamento semi-global Para não computar os espaços após o último caracter de t, ignoramos o sufixo de s que casa com aqueles espaços. Ex: s = CAGCACTTGGATTAGAC t = CAGCG - TTG --- --- --- Como obter este efeito na tabela? katia@cin.ufpe.br

9. Achando o alinhamento semi-global Ex: s = CAGCACTTGGATTAGAC t = CAGCG - TTG --- --- --- Note que depois que t termina, o score vai apenas diminuindo. katia@cin.ufpe.br

10. Achando o alinhamento semi-global Ou seja, não devemos nos preocupar com a continuação do alinhamento depois que a cadeia t termina (última coluna). Logo, devemos tomar o maior valor na última coluna de M, isto é: sim(s, t) = máx i =1..mM[i,n] katia@cin.ufpe.br

11. Achando o alinhamento semi-global De maneira similar, poderíamos ter o alinhamento semi-global começando com remoções. Ex: s = TACCTGCGCAGCG t = - - - - - - - - CAGCA Para não computar as remoções no início do alinhamento, incializaremos a primeira coluna com zeros. katia@cin.ufpe.br

12. Achando o alinhamento semi-global E ao final não podemos nos preocupar com as inserções no final. Ex: Ex: s = CAGCACTTG --- --- --- t = CAGCG - TTGTACCTGCG Para focar no final de s olhamos o maior valor da última linha. katia@cin.ufpe.br

13. Achando o alinhamento semi-global Ou seja, não devemos nos preocupar com a continuação do alinhamento depois que a cadeia s termina (última linha). Logo, devemos tomar o maior valor na última linha de M, isto é: sim(s, t) = máxj=1..nM[m, j] katia@cin.ufpe.br

14. Achando o alinhamento semi-global Considerando este maior valor na última linha de M: sim(s, t) = máxj=1..nM[m, j] Para conseguir o alinhamento é só começar a busca numa célula (m, k) da matriz, onde k é tal que sim(s, t) = M[m, k]. katia@cin.ufpe.br

15. Alinhamento Local Dadas duas seqüências s e t, identificar o alinhamento de melhor score entre um substring de s e um substring de t. O algoritmo será o mesmo que usamos para alinhamento global, com algumas alterações. katia@cin.ufpe.br

16. Alinhamentos Locais Ainda teremos uma matriz (m+1)  (n+1) mas cada entrada (i, j) vai conter o maior score de um alinhamento entre um sufixo de s[1..i] e um sufixo de t[1..j]. Para isso, a primeira linha e a primeira coluna vão ser inicializadas com zeros. katia@cin.ufpe.br

17. Observação Para qualquer entrada (i, j) há sempre o alinhamento entre os sufixos vazios de s[1..i] e de t[1..j], que tem score zero. Portanto, este array terá todas as entradas maiores ou iguais a zero. katia@cin.ufpe.br

18. Usaremos ainda Programação Dinâmica M (i, j) = max M (i, j-1) - 2 (último passo = I) M (i-1, j-1) + p(i,j) (último passo = S/M) M (i-1, j) - 2 (último passo =R) 0 (alinhamento vazio) katia@cin.ufpe.br

19. No final ... Encontrar a maior entrada em todo o array. Este será o score de um alinhamento local ótimo. O alinhamento é obtido a partir dali, seguindo de volta, e parando quando não houver aresta saindo (ou seja, onde o score for zero). katia@cin.ufpe.br

20. Alinhamento Local - Exemplo C A G C A C T C A T  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 C 0 1 0 0 1 0 1 0 2 0 0 C 0 1 0 0 1 0 1 0 1 1 0 A 0 0 2 0 0 2 0 0 0 2 0 G 0 0 0 3 1 0 1 0 0 0 1 C 0 1 0 1 4 2 1 0 1 0 0 T 0 0 0 0 2 3 1 2 0 0 1 C 0 1 0 0 1 1 4 2 3 1 0 G 0 0 0 1 0 0 2 3 1 2 0 katia@cin.ufpe.br

21. Alinhamento Local - Exemplo C A G C A C T C A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . : G 0 0 0 3 1 0 1 0 0 0 1 C 0 1 0 1 4 2 1 0 1 0 0 T 0 0 0 0 2 3 1 2 0 0 1 C 0 1 0 0 1 1 4 2 3 1 0 G 0 0 0 1 0 0 2 3 1 2 0 CAGCACTCAT TCCAGCTCG - katia@cin.ufpe.br

22. Alinhamento Local - Exemplo C A G C A C T C A T  . . . T 0 0 . . . CAGCACTCAT C 0 1 0 . . . TCCAGCTCG C 0 1 0 0 . . . A 0 0 2 0 0 2 0 0 0 2 0 G 0 0 0 3 1 0 1 0 0 0 1 C 0 1 0 1 4 2 1 0 1 0 0 T 0 0 0 0 2 3 1 2 0 0 1 C 0 1 0 0 1 1 4 2 3 1 0 G 0 0 0 1 0 0 2 3 1 2 0 katia@cin.ufpe.br

23. Achando o alinhamento semi-global INICIALIZAÇÃO. Para não penalizar por gaps no início das cadeias, ao invés de penalizar com (i . g) ou (j . g), inicializamos a primeira linha e a primeira coluna com zeros. katia@cin.ufpe.br