Cómo aprender a leer artículos científicos

1. Cómo aprender a leer artículos científicos Alfredo Prieto Martín Profesor Asociado de Inmunología Coordinador del programa de doctorado en Inmunología, MENCIÓN DE CALIDAD MECD Universidad de Alcalá alfredo.prieto@uah.es http://www.alfredoprieto.tk Unidad mixta CSIC/UAH

2. Plan de la clase • Metodología asimilación información primaria: • 1. Comprensión del texto • Lectura sistemática • Búsqueda orientada de información • 2. Interpretación de ilustraciones • 3.Escribir un esquema, redactar un resumen y una lista de dudas

3. Etapas del proceso de asimilación • Metodología • Cómo comprender el significado de un texto científico. • Proceso de lectura sistemática • ¿Cómo leer para entender el significado de un texto complejo? • Búsqueda orientada de información • ¿Qué información hay que buscar en cada sección? 2. Comprender e interpretar la iconografia (resultados). Método del paréntesis (). 3. Escribir un esquema, redactar un resumen de cada sección y una lista de dudas. • Métodos de representación grafica de ideas

4. I. Principios de lectura sistemática • 1. Dividir la dificultad en partes y abordarlas sucesivamente. • 2. Localizar lo que no se entiende y aclararlo: • Usar diccionario, libro de consulta e internet para descifrarlo y comprenderlo. • 3. Registrar lo más relevante: • Apuntar los significados descifrados e ideas principales. • 4. Recapitular para integrar: • Releer, resumir y esquematizar para integrar la información.

5. Práctica de la lectura sistemática: leer , releer y volver a releer Primera lectura (descifrar palabras para comprender oraciones): buscar (diccionario, google) y apuntar significado palabras y hallar relación entre ellas. Una vez descifrado el significado de los términos se comprende el mensaje de cada oración. Segunda lectura (recapitulación oraciones para comprender párrafo): relee y relaciona las oraciones y apuntar al margen el tema principal de cada párrafo. Tercera lectura (releer párrafos para comprender sección): se lee de un tirón para relacionar temas de distintos párrafos. Elaboración de listas de ideas principales y glosario.

6. Ejercicio lectura • Introducción de un artículo. • Marquen palabras y busquen significado. • Anoten ideas principales. • Hagan un esquema de la introducción. Oración párrafo sección Termino Oración párrafo

7. II.Búsqueda orientada de informaciónEstructura lógica del artículoA + (I M R D) Abstract resumen de todo Cuestionario para lectura crítica del artículo ¿Qué hay que buscar en cada sección? Introducción ¿Por qué lo hicieron? Materiales y métodos ¿Qué hicieron? Resultados ¿Qué encontraron? Discusión ¿Qué significa?

8. Eltítulo El título identifica la idea principal del artículo, informa de los nuevos hallazgos o conclusiones. ¿Qué se mide? ¿En qué modelo? ¿Se descubre su causa?

9. Abstract: Un resumen breve Resultados:¿Qué han encontrado? ¿Cuáles son los resultados y hallazgos más importantes? Las respuestas: Cuales son las conclusiones del estudio. A veces al final se señalan aplicaciones potenciales, implicaciones e incluso especulaciones. Background: Una oración que introduce la cuestión principal. Es opcional Cuestión: objetivos o propósito: ¿Qué quiere contestar este trabajo? Esa es la cuestión. ¿Qué métodosutilizan? ¿Qué experimentos hacen?

10. Introducción • Sitúa el estado del conocimiento actual • Define los conceptos clave y premisas asumidas. • Justifica esas asunciones. • Explica por qué los autores realizaron el estudio y define los objetivos del mismo. • Establece la cuestión a la que responde el trabajo ¿qué se pretende encontrar? Establece hipótesis Proposición afirmativa de la que se deducen predicciones que serán confirmadas o rechazadas por los resultados experimentales Se relaciona la cuestión con la aproximación experimental y se establece esta A veces se anticipa la respuesta encontrada Esta dirigida a una audiencia de especialistas

11. Introducción de artículos metodológicos • Sitúa el estado del conocimiento actual. • Explica el problema o la razón por la que el nuevo método es necesario. • Establece las características que deberá tener la solución. • Explica la solución propuesta.

12. Material y Métodos Proporciona información (con detalles y referencias) para que otro científico pueda evaluar o reproducir los experimentos. -Para analizar críticamente un diseño experimental debes comprender su marco conceptual y descubrir en qué premisas o asunciones se basa. -Para comprender esta sección dibuja esquemas de los protocolos explicados.

13. Resultados -El texto expone los resultados de los experimentos -Las tablas y figuras representan los resultados principales. -El orden del texto de los resultados es paralelo al de la presentación de datos en ilustraciones. -Cuando el texto te refiera a una tabla o figura haz un paréntesis : ( ) (Con suma atención lee el pie de la figura e intenta comprenderla)

14. Discusión -Su función es responder ¿Qué significan los resultados, que trascendencia tienen? Al principio se establece la respuesta resaltando los hallazgos relevantes y aspectos más novedosos. • -A continuación se defiende la validez de los hallazgos, usando los resultados del artículo y los publicados por otros autores. • -Se explica: • ¿Cómo los resultados soportanla respuesta a la cuestión? • ¿Porqué la respuesta es razonable? • ¿Cómo ajusta en el contexto del conocimiento actual ( paradigmas y modelos actuales)?

15. Se destaca el valor de la respuesta • ¿Qué añade la respuesta al conocimiento existente? • Deducir aplicaciones o implicaciones de la respuesta Finaliza restableciendo la respuesta, -Recuerda que añade al conocimiento actual Establecen sus posibles aplicaciones e implicaciones.

16. 2. Interpretar las ilustraciones • -Haz un paréntesis al llegar: • -Lee eltexto que se refiera a la ilustración. • Lee el pie buscando el significado de las palabras que no entiendas. • -Anota sobre la ilustración lo que significa cada curva cada símbolo o cada barra. • Vuelve a empezar hasta que lo entiendas

17. ILUSTRACIONES • Las ilustraciones son expresiones gráficas, transmiten visualmente mensajes clave difícilmente transmisibles mediante palabras. • Sólo hay dos tipos: tablas y figuras • Tablas • Representación alfanumérica con información ordenada en filas y columnas • Figuras • Una ilustración que no es una tabla

18. Tabla. 1#. Componentes de una tabla* †Marcador LLC - B quiescente LLC - B no quiescente Controles (n=56) † (n=56) † (n=47)† ‡ Células 12 .5± 4 .7§Φ 5.4±2.7§Φ 8 .6± 3 .4§ CD3CD56+(%) ‡Células 1 5.6± 6 .1§Φ 7 .8±2.6§Φ 12 .5±2.9§ CD3+CD57+(%) Este es el pie de la tabla. Se representan valores medios y desviaciones estándar de las poblaciones estudiadas. LLC-B leucemia linfática crónica de células B. # Número de la tabla (según orden de citación en texto).* Título. † Encabezamiento de la columna.‡ Encabezamiento de la fila. § Campo. ΦIndica diferencia significativa con los controles (student t test).

19. Estructura típica de un gráfico numérico Healthy controls r=0.36 p=0.05 200 150 cpm x 1000 100 B-CLL patients r=0.48 p=0.001 50 0 0 10 20 30 40 50 60 % CD4+CD45RA+ cells • Cada eje representa los valores de una variable. • Eje X variable independiente. • Eje Y variable dependiente. Símbolos y líneas muestran como los cambios en la variable independiente (discreta o continua) afectan a los valores que toma la variable dependiente.

20. Ejercicio de interpretación de figuras • ¿Cual es son las conclusiones que se puede extraer de los resultados presentados en la figura? • ¿Cual es el mensaje principal de la figura?

21. Relación hipertextual entre texto y figura

22. FIG. 1. Impact of the number of centrifugation-washing procedures on cell loss and viability of cultured cells. A: Representative dot plot analyses of viable fresh cells used to adjust the levels for 7-AAD and annexin V positivity. B,C: Analyses of cells cultured for 24 h in complete medium and acquired after one (B) or four wash procedures (C). The cell concen-tration (cells per milliliter) and the imprecision of replicated determina-tions (CV) are shown in each quadrant. The cell populations discrimi-nated in each quadrant are viable cells (annexin V negative/7-AAD negative) in the lower left quadrant, early apoptotic cells (annexin V positive/7-AAD negative) in the lower right quadrant, late apoptotic cells (annexin V positive/7-AAD positive) in the upper right quadrant, and early necrotic cells (annexin V negative/7-AAD positive) in the upper left quadrant. D–G: Percentages of cells after annexin V and antibody-labeling procedures, which employ different numbers of cycles of washing-cen-trifugation (from 1 to 4). Viable cells (annexin V negative/7-AAD negative; open bars), early apoptotic cells (annexin V positive/7-AAD negative; very lightly shaded bars), late apoptotic cells (annexin V positive/7-AAD pos-itive; lightly shaded bars), and early necrotic cells (annexin V negative/ 7-AAD positive; dark gray bars). In panels E and G, the black bars represent the fraction of cells lost in the procedure. The PBMCs were cultured for 24 h in the presence (F,G) or absence (D,E) of cycloheximide (10 -3 M). Percentages of cells in relation to those that remain in the test tube (D,F) and in relation to the original number of cells in the sample (E,G). Data of one experiment representative of four are shown. To assess whether cell loss and damage oc-curred under standard experimental conditions of an-nexin V binding (18), aliquots of cycloheximide-treated and untreated cells were exposed to varying wash cycles and analyzed by double-color stainings for annexin V-FITC binding and membrane permeability to 7-AAD. Wash cycles caused significant cell loss (Fig. 1A–C). This was cumulative (Fig. 1E,G) and affected the accuracy of the enumeration by decreasing the number of enumerated cells in both unstimulated and cycloheximide-treated cultures (P 0.001; Fig. 1E,G). The number of wash cycles also affected the precision of cell enumeration. The CV of the samples enumerated after four wash cycles was twice as high as that of samples washed only once (Fig. 1B,C). In addition, it should be noted that wash cycles not only caused cell loss but also affected the viability of the cells under analysis (Fig. 1). The increase in both the percentage of annexin V-positive and 7-AAD–positive permeable cells caused by the wash cycles was detected by both the proposed (Fig. 1E,G) and the traditional annexin V staining method (Fig. 1D,F). Minimal washing (one cycle) keeps both cell loss and artefactual decreases in cell viability to a minimum and reduces the time needed to process samples.

23. 3. Escribir un esquema, redactar un resumen y una lista de dudas -A partir del esquema se redacta un resumen de cada sección. -Hacer una lista de dudas.

24. Técnicas para la relación esquemática de ideas: Mapa conceptual apoptosis involves involves Cell fragmentation Cell lessions Allow vanish Apoptotic cell Identification Late apoptotic cells Allow biasses Apoptotic cell quantification Requires Estimation of fragmented cells S V O

25. Prognosis LLC-B Sistemas de estadiaje Binet y Rai Baja Masa tumoral Prognosis variable Alta Masa tumoral Mala prognosis Criterios de Monserrat LLC-B Quiescente Prognosis variable LLC-B No quiescente Mala prognosis Fenotipo de las células leucémicas Alto CD25 CD28 Mala prognosis Bajo CD25 CD28 Buena prognosis Técnicas para la relación esquemática de ideas:Árbol temático

26. Estdio Ciclo celular y apoptosis Diferenciación celular Aplicaciones Marcaje con CSFE Protocolo Experimental analisis Alicuotado Sorting Cultivo Marcaje Técnicas para la relación esquemática de ideas: Diagrama de agrupamiento de ideas

27. Preparación en equipo Reparto de la lectura de secciones, intercambio de resúmenes. Puesta en común de las dudasUnos resolveréis las dudas de otros. Primera tutoría: Se plantean y resuelven las dudas pertinaces. Preparación de la presentación . • Segunda tutoría: Revisión y Ensayo de presentación (si queréis) se resolverán las dudas pertinaces.

28. Habéis aprendido • 1. Cómo abordar la lectura de un artículo. • 2. Qué buscar en cada lugar del articulo. • 3. Cómo descifrar una ilustración. • 4. Distintas maneras de representar información en esquemas.

29. Bibliografía • McNeal, A (2000). How to read a scientific research paper. • Home page Problem based Learning • www2.uah.es/problembasedlearning/ • www.alfredoprieto.tk