1 / 41

Strukturális genomika

Strukturális genomika. Gyakorlati feladatok. SNP-k és vizsgálatuk. SNP-k és vizsgálatuk. SNP-k és vizsgálatuk. SNP-k és vizsgálatuk. SNP-k és vizsgálatuk. SNP-k és vizsgálatuk. SNP-k és vizsgálatuk. (wt) CGT AGT CCT TGA AGC TAT ……………… TAT GTA CGT AGC TGA (m)

unity-bonner
Download Presentation

Strukturális genomika

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Strukturális genomika Gyakorlati feladatok

  2. SNP-k és vizsgálatuk

  3. SNP-k és vizsgálatuk

  4. SNP-k és vizsgálatuk

  5. SNP-k és vizsgálatuk

  6. SNP-k és vizsgálatuk

  7. SNP-k és vizsgálatuk

  8. SNP-k és vizsgálatuk

  9. (wt) • CGT AGT CCT TGA AGC TAT ……………… TAT GTA CGT AGC TGA • (m) • CGT AGT CCT TGA AGC TAC ……………… TAT GTA CGT AGC TGA Allél specifikus amplifikáció - ASA

  10. (wt) • CGT AGT CCT TGA AGC TAT ……………… TAT GTA CGT AGC TGA • (m) • CGT AGT CCT TGA AGC TAC ……………… TAT GTA CGT AGC TGA Allél specifikus amplifikáció - ASA

  11. (wt) • CGT AGT CCT TGA AGC TAT ……………… TAT GTA CGT AGC TGA • (m) • CGT AGT CCT TGA AGC TAC ……………… TAT GTA CGT AGC TGA • Tervezzünk primerpárt! Allél specifikus amplifikáció - ASA

  12. (wt) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAT ……………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATA .…………….. ATA CAT GCA TCG ACT5’ • (m) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAC ……………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATG .…………….. ATA CAT GCA TCG ACT5’ • Hány primerre lesz szükségünk? Allél specifikus amplifikáció - ASA

  13. (wt) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAT ……………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATA .…………….. ATA CAT GCA TCG ACT5’ • (m) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAC ……………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATG .…………….. ATA CAT GCA TCG ACT5’ • Hány primerre lesz szükségünk? 3 Allél specifikus amplifikáció - ASA

  14. (wt) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAT……………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATA .…………….. ATA CAT GCA TCG ACT5’ • (m) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAC ………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATG .………… ATA CAT GCA TCG ACT5’ Allél specifikus amplifikáció - ASA

  15. (wt) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAT……………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATA .…………….. ATA CAT GCA TCG ACT5’ • (m) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAC ………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATG .………… ATA CAT GCA TCG ACT5’ Allél specifikus amplifikáció - ASA

  16. FAST PCR • Ellenőrzés: MultAlin • www.multalin.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html • Reverz primer ellenőrzéséhez • www.bioinformatics.org/SMS/rev_comp.html Primer tervezés programmal

  17. (wt) CGT AAT GAA TTC AGT TGC EcoRI akcióban Emésztés RE-vel

  18. (m) CGT AAT GAA CTC AGT TGC EcoRI akcióban SNP van az RE helyen

  19. (m) CGT AAT GAA CTC AGT TGC EcoRI akcióban Emésztés RE-vel

  20. Gélelektroforézis

  21. m wt Gélelektroforézis

  22. Mutáció az MLH1 gén 3. exon 5’ végén az ESE-ben Exon 2 Exon 1 Exon 3 ESE

  23. Mutáció az MLH1 gén 3. exon 5’ végén az ESE-ben • Mi történik az RNS érés során? És mi történne, ha nem lenne mutáció? Exon 2 Exon 1 Exon 3 ESE

  24. Mutáció az MLH1 gén 3. exon 5’ végén az ESE-ben Exon 2 Exon 1 Exon 3 Exon 2 Exon 1 Exon 3 ESE

  25. 5 tagú DNS könyvtár (mi a DNS könyvtár?) • Állítsuk sorba a tagjait (mi a módszer alapja?) • AGT TGA ………GCT CGT GAA • GTA CGT AGT ….CGT TGC CGT • GTG AAT…..CGT AGT • TAG TAG CTT…..CTG TAC GTA • CGT ATG ….TGA AGT Kromoszóma séta PCR-ral

  26. 5 5 2 2 3 3 6 6 4 4 1 1 2.: ligálás plazmid vektorba 1.: emésztés restrikciós endonukleázzal 1 2 3 4 5 6 Genomkönyvtár készítés

  27. 5 5 2 2 3 3 6 6 4 4 1 1 2.: ligálás plazmid vektorba 3.: transzformáció Escherichia coli-ba Genomkönyvtár készítés

  28. Milyen sorrend olvasható le a gélfotóról? • Melyik DNS band melyik szekvenciával azonosítható? GGCCATGGCCATCGTGGCCATCGTT GGCCAGGCCATCGTTGA GGCGGCCGGCCATC GGCCATCGGGCCATCGTTG n ACGT 10987654321 Sanger-módszer

  29. Milyen sorrend olvasható le a gélfotóról? • Melyik DNS band melyik szekvenciával azonosítható? GGCCATGGCCATCGTGGCCATCGTT GGCCAGGCCATCGTTGA GGCGGCCGGCCATC GGCCATCGGGCCATCGTTG n ACGT 10987654321 A3’GTTGCTACC5’ Sanger-módszer

  30. A leolvasott szekvencia alapján mi a templát DNS bázissorrendje? n ACGT A3’GTTGCTACC5’ 10987654321 Sanger-módszer

  31. A leolvasott szekvencia alapján mi a templát DNS bázissorrendje? • GGTAGCAACT n ACGT A3’GTTGCTACC5’ 10987654321 Sanger-módszer

  32. A pirogram alapján milyen sorrendben követték egymást a nukleotidok? • Mi a templát DNS bázissorrendje? Piroszekvenálás

  33. A pirogram alapján milyen sorrendben követték egymást a nukleotidok? G C T A • Mi a templát DNS bázissorrendje? Piroszekvenálás

  34. A pirogram alapján milyen sorrendben követték egymást a nukleotidok? G C T A • Mi a templát DNS bázissorrendje? CGTCCGGA Piroszekvenálás

  35. KRASonkogén 12p12 • RAS család tagja, GTPáz • 21kD-s fehérjét kódol (p21ras, vagy K-Ras) • K-Ras funkció:molekuláris kapcsoló • intracelluláris jelutak szabályozása • pl: EGFR közvetítette jelátvitel során „downstream”jelátviteli affektor. KRASgén analízis piroszekvenálással

  36. A KRAS gén BIOMARKER • Jelzi, hogy hogyan fognak reagálni a betegek a kezelésre • Szabályozza egyes fehérjék működését befolyásolja a sejt túlélését, a daganat érképzését, az áttétképződési folyamatot. KRASgén analízis piroszekvenálással

  37. KRASgén analízis piroszekvenálással

  38. Mutáció a KRAS génben ->folyamatosan aktív K-Ras protein -> szabályozatlan sejtosztódás -> számos rák alapja • Leggyakoribb mutációk:12., 13., 61. kodon KRASgén analízis piroszekvenálással

  39. 12. kodon KRASgén analízis piroszekvenálással

  40. 13. kodon KRASgén analízis piroszekvenálással

  41. 61. kodon KRASgén analízis piroszekvenálással

More Related