1 / 33

Genomisk prediktion Informationsmøde 8. oktober 2014

Genomisk prediktion Informationsmøde 8. oktober 2014. Ulrik S. Nielsen Jørn Pedersen, Anders Fogh. Nuværende 2-step metode. SNP og deregressed proof (DRP). Direct genomic values (DGV). Genomic enhanced breeding values (GEBV). Grunddata: Deregressed proof.

aurelia-vaughn
Download Presentation

Genomisk prediktion Informationsmøde 8. oktober 2014

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Genomisk prediktionInformationsmøde8. oktober 2014 Ulrik S. Nielsen Jørn Pedersen, Anders Fogh

  2. Nuværende 2-step metode SNP og deregressed proof (DRP) Direct genomic values (DGV) Genomic enhanced breeding values (GEBV)

  3. Grunddata: Deregressed proof Feltdata (kg protein, behandling af yverbetændelse) Systematisk påvirkning (kælvningsalder, kælvningsmåned osv.) Avlsværdital Afhængig af sikkerhed Justeret fænotype Deregressed proof (DRP)

  4. Grunddata: Deregressed proof DRP Afstamning Avlsværdital Egen ydelse + afstamning Afvigelse fra afstamning ud fra egen ydelse

  5. Deregressed proof (DRP)- genotypede dyr • Hundyr: Egen fænotypisk afvigelse fra forældrene - hvis dyret skal have det opnåede avlsværdital • Tyre: Døtrenes fænotypiske afvigelse opfattes som fænotype på tyren. Afvigelse af denne fra tyrens forældre - hvis tyren skal have det opnåede avlsværdital Fænotype tælles kun med én gang!

  6. Hundyr i referencegruppen- information fra 10 døtre efter tyr med 1. laktationsydelser Ikke testede køer Justeret fænotype Testede køer Justeret fænotype Justeret fænotype Justeret fænotype

  7. DRP- anvendt slægtskab for testede dyr • Tidligere rutine: Sire, MGS • Ny: Sire, Dam (Animal model) • Fordel: DRP er tættere på dyrets reelle ydelsesafvigelse

  8. DRP- anvendt slægtskab for testede dyr Nu Tidligere Kendt afstamning: 0,5 + 0,25 = 0,75 + fantom Kendt afstamning: 0,5 + 0,25 + 0,125 + 0,0625 = 0,9375 + fantom

  9. Avlsværdiberegning- Testede køer og afprøvede tyre med DRP • DRP = μ + Av. dyr + e • Ved benyttelse af: • Genomisk slægtskab giver DGV • Traditionel slægtskab giver EBV

  10. Slægtsskab ud fra SNP Genomisk slægtsskab: 0 - 1 !Tyr !Helbror Traditionel slægtsskab: 0,5

  11. Avlsværdiberegning - Testede kvier og unge tyre uden DRP • DRP = μ + Av. dyr + e • Ved benyttelse af: • Genomisk slægtskab giver DGV for kandidater • Traditionel slægtskab giver afstamningsindeks

  12. Blending • DGV: Afstamning (genomisk) , afprøvning (DRP) • EBV: Afstamning (traditionel) , afprøvning (DRP) Kombineres – MEN meget stor overlap af information Ny metode undgår bedre ”double counting”, hvilket gør det lettere at inkludere hundyr i referencegruppen

  13. Reference population August 2014 a) Inkluderer afprøvede tyre fra NLD, FRA, DEU, ESP b) Inkluderer afprøvede tyre fra NOR c) Inkluderer afprøvede tyre fra USA

  14. Genomisk information øger sikkerheden væsentligt for kandidater! Sikkerhed på seneste 4 årgange afprøvede tyre sammenlignet med sikkerhed på afstamnings-information Eks: Sikkerhed på DGV 45% Sikkerhed på afstamning 20% Ekstra sikkerhed 25%

  15. Ekstra sikkerhed – ud over afstamning for RDC

  16. Ekstra sikkerhed – ud over afstamning for HOL

  17. Ekstra sikkerhed – ud over afstamning for JER

  18. Stadig forskel i sikkerhed mellem racer Sikkerheder for RDC og Jersey er stadig 12-15% point lavere end HOL – men højere end før! Forventer yderligere stigning i sikkerhed når flere genotypede RDC and Jersey køer indgår i referencepopulationen.

  19. Underestimering er væk! For RDC og Jersey er indekser steget for unge tyre og kvier RDC: • 4 indeksenheder for ydelse og NTM • 0-2 indeksenheder andre egenskaber, hvor køer indgår i referencepopulationen

  20. Underestimering er væk! For RDC og Jersey er indekser steget for unge tyre og kvier Jersey: • 2 indeksenheder for ydelse og NTM • 0-1 indeksenheder andre egenskaber, hvor køer indgår i referencepopulationen

  21. Sammenhænge- Tidligere vs. nu

  22. Blå = Ny, Rød = tidligere rutine

  23. Konklusion – Hvad er forbedret?

  24. Konklusion • Ny model implementeret 2. juli for RDC/JER • Positivt modtaget – flere forbedringer på vej • Ny model for ydelse hos HOL er sendt til Interbull test • Implementering snarest hos HOL

  25. Testede hundyr per land og fødselsår

  26. LD-projektAntal hundyr med og uden egen ydelseOktober 2014

  27. Niveau af genomisk testede Holstein Oktober 2014

  28. Niveau af genomisk testede RDC Oktober 2014

  29. Niveau af genomisk testede JER Oktober 2014

More Related