Projet ANRS 12134 et dynamique de la résistance aux ARV :

1. Projet ANRS 12134 et dynamique de la résistance aux ARV :

2. Problématique • Les échecs thérapeutiques liés à la résistance aux ARV • La circulation et transmission des souches résistantes • Phénomène alarmant dans certains pays du nord • Prévalences > 10% (Lapadula, 2008, Vercauteren et al., 2008 en Belgique). • Pays du sud à faible revenus, prévalences variables selon les régions : • 2,3% en zone rural au Burkina Faso (Tebit et coll., 2006) vs 8% dans les grandes villes (Vergne et coll., 2006) • Plus de 10% au Nigéria (Ojesina et coll., 2006)

3. Problématique • Au Sénégal • ARV introduits en 1998, gratuits en fin 2003 • Chez patients sous HAART • Survenue de mutations de résistance comparable à celle des pays du nord ANRS : 12% dans ANRS 1215/1290 (Laurent et coll., 2005) • Pas de données dans ISAARV • Peu de données sur la circulation de souches résistantes dans la population • Résultats de l’observatoire des résistances (ANRS 1257 en 2003-2005)

4. Objectifs • Documenter la circulation de souches résistantes (présence de mutations de résistance) • Patients sénégalais VIH positif, • non traités, immunocompétents • Étudier le polymorphisme au niveau de la protéase et de la transcriptase inverse

5. Méthodologie • Echantillonnage • 2003-2005 : Projet ANRS 1257 • 56 patients VIH-1 recrutés au CTA de Fann (Dakar) • Critères d’inclusion • Naïfs de tout traitement ARV • LT CD4/mm3, supérieur ou égal à 350

6. Méthodologie • Echantillonnage • 2007-2008 : Projet ANRS 12134 • 48 patients VIH-1 ont été recrutés au CTA et à Roi Baudouin (Dakar) • Critères d’inclusion • Sujets naïfs de tout traitement ARV • Jeune > 25 ans et/ou LT CD4/mm3 > = 500 cell/mm3 • Délai de recrutement long (8 mois) car faible prévalence du VIH

7. Méthodologie • A partir du plasma • 2003- 2005 : technique IRD • RT-PCR et amplification par RT PCR nichée d’un fragment de 1850 pb couvrant la totalité de la protéase et les 440 premiers AA de la RT • 2007-2008 : technique ANRS • RT-PCR séparée des 2 fragments de protéase et les 320 AA de la TI

8. Méthodologie • Analyse des séquences avec algorithmes de résistance • HIV Stanford DB (v4.1.7) • ANRS V2006.7 • Les majeures et les mutations mineures associées à une résistance aux ARV ont été recherchées

9. Méthodologie • Identification des sous-types/CRF • alignement Clustal X avec des sous-types et recombinants de VIH • Analyse phylogénétique • méthode du neighbour-joining. • Recherche de recombinants • si fragments > 1000 pb • analyses de similarité et de bootscan sur Simplot

10. Caractéristiques globales • Date de la première séropositivité (n=46) • 3 avant 2003 • 10 entre 2003 à 2005 • 33 après 2006 2007-2008

11. Caractéristiques globales 2003-2005 2007-2008

12. Caractéristiques globales 2007-2008

13. Caractéristiques globales 2003-2005 2007-2008

14. Caractéristiques globales 2007-2008

15. Analyse phylogénétique 2003-2005 • Prédominance CRF02_AG n=39 (69%) • Présence de nombreux variants : • A (n=1), A3 (n=1), B (n=3), C (n=2), D’ (n=1) • CRF06 (n=2) • Recombinants uniques n= 6 • CFR02/A3 (n=4), F/U (n=1), G/U/G (n=1)

16. 0.02 CRF02 65 1 84 G 59 88 79 CRF06 38 100 86 A2 89 100 100 CRF01 98 85 40 100 A3 99 89 A 82 92 100 DD’ 74 75 74 B 100 F1/F2 100 92 90 100 K 80 100 L 100 H 100 90 C 68 100 CRF13 100 68 CRF11 94 J 100 95 100 CPZ_GAB 2003-2005

17. Analyse phylogénétique 2007-2008 Recombinants • Prédominance CRF02_AG n=25 (53%) • Présence de nombreux variants : • A3 (n=1), B (n=1), DD’ (n=2), C (n=6 soit 12,5%) • CRF11 (n=2) • Recombinants uniques • CFR02/X (n=10 soit 21%), • U/CRF37 (n=1)

18. 0.02 0.02 1 CRF37_cpx CRF02_AG CRF02_AG 79 66 7 CRF36_cpx 80 78 G CRF36_cpx 82 CRF06_cpx CR06_cpx 100 CRF37_cpx 92 91 63 G A3 84 77 CRF09_cpx CRF01_AE 97 A1 95 92 F CRF01_AE 95 A3 94 D 94 A1 B 71 93 91 K K F1 83 CRF09_cpx 94 80 D H 100 98 92 J 79 B 97 CRF11_cpx 85 47 CRF13_cpx F2 72 96 60 92 97 85 89 69 C 76 C 69 90 69 79 CPZ.GA.88.GAB1 H 87 CRF11_cpx 72 87 J 92 78 CPZ 68 78 75 90 90 63 79 2007-2008 Gène RT Gène Protéase

19. Résistance aux ARV 2003-2005

20. Résistance aux ARV 2007-2008

21. Discussion • ARV réduit morbidité and mortalité des PvVIH mais développement de résistance  problème réel • Fréquence de résistance aux Nucs : 3TC et/ou aux Non Nucs +++  Transmission de virus résistants • Similarité résultats Mutations Majeures : • Toni al 2007 (Abidjan Cote d’Ivoire) • Derache et al 2007 (Bamako Mali) • Ndembi et al 2007 (Yaoundé) • Discordance entre algorithmes

22. Conclusion • Circulation faible de virus résistants • Augmentation de leur fréquence • Discordances entre algorithmes pour les non B • Nécessité de surveiller la circulation de virus résistants  Stratégies de 1ère ligne

23. Equipes participantes • Sénégal • Hôpital le Dantec • Toure-Kane Coumba, Diop Ndiaye Halimatou,,,, Mboup Souleymane • Hôpital Fann Ngom Gueye Ndeye,,,,,,,,, Sow Papa Salif Dieng Alé Baba, Diouf Assane ,,,,,,,,,Cilote Vanina • France • Laboratoire Retrovirus, UMR 145 • Ayouba o Etard Jean François, Butel Christelle Peeters Martine ,,,,,,Delaporte Eric • Groupe ANRS 12134 (Sénégal et France)