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Un outil pour prédire la pertinence d’une structure secondaire d’ADN - Le point

Un outil pour prédire la pertinence d’une structure secondaire d’ADN - Le point. J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007. Context e (Rappel). splitfasta.pl, callMfold.sh. Séquence fasta. callShuffle.sh. splitfasta.pl, callMfold.sh. Shuffleseq (100 ou 1000 fois). Mfold. lire_mfold.pl.

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Un outil pour prédire la pertinence d’une structure secondaire d’ADN - Le point

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Presentation Transcript

  1. Un outil pour prédire la pertinence d’une structure secondaire d’ADN - Le point J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007

  2. Contexte (Rappel) splitfasta.pl, callMfold.sh Séquence fasta callShuffle.sh splitfasta.pl, callMfold.sh Shuffleseq (100 ou 1000 fois) Mfold lire_mfold.pl Extraction des entropies, du nombre de folds Plus un programme qui appelle tous les autres. Graph dans JMP J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007

  3. Contexte (Rappel) • A la sortie de lire_mfold.pl: • A la sortie de JMP: J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007

  4. Problème (Rappel) • JMP est cher. • Trouver un logiciel libre similaire à JMP (densité non-paramétrique), et utilisable en ligne de commande. J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007

  5. Première idée : Contourner JMP avec R • Pas de fonction miracle ! • Algorithme d’après JMP : Divide each axis into 50 binning intervals, for a total of 2,500 bins over the whole surface. Count the points in each bin. Decide the smoothing kernel standard deviation using the recommendations of Bowman and Foster (1992). Run a bivariate normal kernel smoother using an FFT and inverse FFT to do the convolution. Create a contour map on the 2,500 bins using a bilinear surface patch model. J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007

  6. Deuxième idée : Utiliser un Z score • Définition du Z score : où  est la moyenne, et  l'écart type. J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007

  7. Deuxième idée : Utiliser un Z score • Deux possibilités : • Calcul du Z score par séquences. • Calcul du Z score par nombres de repliements Pour un nombre de repliements Pour une séquence J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007

  8. Conclusion • A votre avis, dans les idées exposées, quelle est la meilleure, la plus juste ? • Je n’ai pas beaucoup avancé, je suis lente et au LEPG, il y a d’autres priorités… J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007

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