Le remplacement moléculaire

1. Le remplacement moléculaire Pr Eric Chabrière

2. Le remplacement moléculaire • Au début, les phases ne sont pas disponibles. • L'idée est d'utiliser les phases d'un modèle pour calculer avec les facteurs de structures mesurée des carte de densité électronique. • C'est souvent la méthode la plus simple et la plus rapide à tester • Il y a 4 étapes pour résoudre une structure par remplacement moléculaire • -choix et construction du modèle • Orientation du modèle dans la maille (fonction de rotation) • position du modèle (fonction de translation) • construction et affinement de la structure

3. choix et construction du modèle On peut utiliser une structure comme modèle si la structure a déjà été résolue (complexe). Les protéines sont regroupé par famille topologique. Si l'identité de séquence est >30% on peut supposer que les 2 structure auront une topologie proche

4. Les programme de prédiction structurale (ex PHYRE). sont très bon et peuvent proposer des modèles similaire qui ont déjà été résolue malgré une faible homologie. Si on ne trouve pas de solution pour la remplacement moléculaire on peut travailler le modèle. Ce qui n'est pas avec nous est contre nous. Si l'identité de séquence est faible, on peut muter le modèle on peut transformé le modèle en une chaine polyalanine. Avec les alignement de séquence (bioinformatique), on peut enlever des zones agités, qui sont différentes,…. Si la protéine semble flexible, on peut couper le modèle en morceau. Le choix du modèle est cruciale. Tester les modèle ne coute pas cher (informatique)

5. Orienté le modèle dans la maille Fonction de rotation On va trouver l'orientation du modèle dans la maille grâce à la fonction de Patterson Dans la maille, il y a le motif (la protéine) et ses symétries cristallographiques. Dans la fonction de Paterson ont va trouver -les vecteurs intramoléculaires (atomes appartenant au même motif) - Les vecteurs intermoléculaire (atomes appartenant à différent motifs) Vecteurs intermoléculaires Vecteurs intramoléculaires

6. Les vecteurs intramoléculaires sont ne sont sensibles que à l'orientation de la molécule Les vecteurs intermoléculaires sont sensibles à l'orientation et à la position de la molécule Les vecteurs intramoléculaire peuvent servir à trouver l'orientation de la molécule dans la maille

7. Paterson Les vecteurs intramoléculaires sont plus nombreux à courte distance du centre. On coupe la Patterson à une distance déterminée (dépendent de la taille de la protéine, ~15-20Å) Modèle. On fait tourner le modèle (par pas de 5°) et on compare (corrélation) la fonction de Paterson calculée pour chaque orientation avec la Paterson obtenu avec les données

8. Paramètres influençant la fonction de rotation -le modèle -La résolution pour le calcul de la fonction de Patterson (3-5Å) -Le rayon d'intégration

9. Normalement la rotation qui a a la meilleur corrélation donne l'orientions du modèle dans la maille. Pb: -il y a les vecteur intermoléculaires qui bruitent les donnée -le modèle n'est pas parfait. C'est pourquoi, on utilise les meilleurs solutions de rotations pour chercher la fonction de translation. La facteur de corrélation n'est pas toujours indicatifs (20-30%). Un décrochage dans les solution est un bon indicateurs que la fonction de rotation a été trouvé.

10. La fonction de translation Pour chaque orientation sélectionné, on va tester toute les position dans la maille Pour chaque position, on calcul la transformée de Fourier (Fmod, fmod) On peut calculer la corrélations des cartes de Patterson calculé à partir des données expérimentale et avec les facteur de structure du modèles placé. On peut aussi calculé un facteur d'accord Ce facteur doit être le plus bas possible. En principe Ok si < à 40%

11. Plusieurs modèle dans la maille Parfois, on veut résoudre la structure d'un complexe, plusieurs macromolécules. Parfois, il peut y avoir plusieurs copie de la molécule dans l'unité asymétrique. Physiologique (multimère) ou non. Il faut bien étudier le cristal avant (volume de Mathews et self Paterson) Si il y a plusieurs molécule dans l'unité asymétrique. Le facteur d'accord n'a pas une grande signification, car on compare un modèle partiel avec un modèle complet. Il vaut mieux utiliser les programme qui utilisent le maximum de vraisemblance. On place les modèles un par un A la fin un affinement, est effectué

12. vérifications A la fin, un affinement est effectué Vérification des carte de densité, Fourier différences cartes continues On doit voir des zones absente du modèle On doit voir des zones fausses Facteur d'accord <40% Autres facteurs Z-score (Plus précis que R) Clash dans la le packing

13. Attention à certains groupes d'espaces A partir des données, il n'est pas possible de discriminer certains groupe d'espace. Ex P41 et P43,P61 et P65… qui sont miroir l'un à l'autre P61 P65 Parfois, on n'est pas sur du groupe d'espace. Il ne faut pas à tester d'autres groupes si, on trouve pas de solution

14. Exemple avec 2 molécules