1 / 22

Tata Nama Enzim

Tata Nama Enzim. Biasanya diberi akhiran –ase pada nama substrat atau reaksi yang dikatalisis Contoh: Alkohol dehidrogenase: oksidasi alkohol Urease: hidrolisis urea DNA polimerase: polimerisasi nukleotida Protease: hidrolisis peptida Metiltransferase: transfer gugus metil.

ignatius-eaton
Download Presentation

Tata Nama Enzim

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Tata Nama Enzim

  2. Biasanya diberi akhiran –ase pada nama substrat atau reaksi yang dikatalisis • Contoh: • Alkohol dehidrogenase: oksidasi alkohol • Urease: hidrolisis urea • DNA polimerase: polimerisasi nukleotida • Protease: hidrolisis peptida • Metiltransferase: transfer gugus metil

  3. Bagaimana dengan? • Katalase: reaksi H2O2 menjadi H2O dan O2 • Tripsin: Protease, Endopeptidase • PERLU ADA ATURAN PERLU CARA SISTEMATIS UNTUK MEMBERI NAMA DAN KLASIFIKASI ENZIM • International Union of Biochemistry dan Molecular Biology (IUBMB)

  4. 3196 2477 712

  5. Prinsip Penamaan • Enzim dikelompokkan dan diberi nama menurut reaksi yang dikatalisisnya. • Hanya merujuk pada perubahan reaksi kimia yang disebabkan oleh enzim. • Mekanisme reaksi tidak dimasukkan dan juga gugus prostetik atau kofaktor tidak masuk dalam nama.

  6. http://www.chem.qmw.ac.uk/iubmb • Enzim mempunyai nama sistematis dan nama trivial. • Nama trivial: lebih pendek, mudah dan sering digunakan

  7. Tata Nama • Menurut Enzyme Commission (1961), enzim dibagi atas enam kelas tergantung pada reaksi yang dikatalisis. • E.C.a.b.c.d • a. Kelas enzim • b. subkelas enzim • c. Sub-sub kelas enzim • d.Sub-sub-sub kelas enzim • Pengelompokan tidak berdasarkan urutan asam amino, struktur tiga dimensi dan juga tidak berdasarkan mekanisme reaksi

  8. Klasifikasi Enzim • Oksidoreduktase • Transferase • Hidrolase • Liase • Isomerase • Ligase

  9. Oksidoreduktase • Mengkatalisis transfer atom H, O atau elektron dari satu substrat ke yang lain. • Digit kedua: Hidrogen atau donor elektron • 1. Alkohol • 2. Aldehid atau keton • 3. CH-CH • 4. Amin primer • 5. Amin sekunder • 6. NADH atau NADPH • Digit ketiga: Hidrogen atau akseptor elektron • 1. NAD+ atau NADP+ • 2. Fe 3+ • 3. O2 • 99. Akseptor lain

  10. Oksidoreduktase • Nama sistematik ditulis menurut: donor:akseptor oksidoreduktase • EC. 1.1.1.1 • Nama Sistematik: Alkohol:NAD+ oksidoreduktase • Nama Trivial: Alkohol dehidrogenase (Nama trivial: Oksidase, transfer H ke O2; dan dehidrogenase, untuk transfer H ke akseptor selain O2)

  11. Transferase • Katalisis transfer gugus fungsi khusus seperti metil, asil, amino, glikosil, atau fosfat dari satu senyawa ke senyawa lain. AX + B BX + A • Nama berakhiran X-Transferase, X adalah gugus yang ditransfer. • Nama sistematik ditulis menurut: Donor:akseptor gugus transferase

  12. Digit kedua merupakan gugus yang ditransfer • 1. satu gugus karbon • 2. Gugus Aldehid atau keton • 3. Gugus Asil • 4. Gugus glikosil • 7. Gugus fosfat • Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut gugus yang ditransfer • E.C.2.1.1: metiltransferase • E.C.2.1.2: hidroksimetiltransferase • E.C.2.1.3: karboksil atau karbamoil transferase

  13. E.C.2.7.1: fosfotransferase dengan gugus alkohol sebagai akseptor • E.C.2.7.2: Fosfotransferase dengan gugus karboksil sebagai akseptor • E.C.2.7.3: fosfotransferase dengan gugus nitrogen sebagai akseptor • Fosfotransferase mempunyai nama trivial dengan akhiran kinase

  14. Hidrolase • Mengkatalisis reaksi hidrolis A-X + H2O X-OH + HA • Digit kedua: Jenis ikatan yang dihidrolisis • 1. ester • 2. glikosidik • 4. peptida • 5. C-N selain peptida • Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut jenis ikatan yang dihidrolisis • Nama substrat diberi akhiran –ase. Nama sistematik selalu mengikuti hidrolase.

  15. E.C.3.1.1. Ester karboksilat • E.C.3.1.2. Ester tiol • E.C.3.1.3 Monoester fosfat • E.C.3.1.4 Diester fosfat

  16. Liase • Mengkatalisis pemutusan ikatan C-C, C-O, C-N, C-S. • Nama sistematik ditulis menurut substrat gugus liase. • Nama trivial, misalnya dekarboksilase, aldolase, dehidratase (eliminasi CO2, aldehid, dan air).

  17. Digit kedua: ikatan yang diputus • 1. C-C • 2. C-O • 3. C-N • 4. C-S • Digit ketiga: gugus yang dihilangkan. Untuk C-C liase • 1. gugus karboksil • 2. gugus aldehid • 3. gugus asam keto

  18. Isomerase • Mengkatalisis penataan struktur atau geometri dalam molekul. • Enzim diklasifikasikan menurut jenis reaksi yang terlibat. • Digit kedua: Jenis Reaksi • 1. Rasemisasi atau epimerisasi • 2. Isomerisasi cis-trans • 3. Oksidoreduktase intramolekul • 4. Reaksi transfer intramolekul • Digit Ketiga: jenis molekul yang mengalami isomerisasi • 1. asam amino • 2. asam hidroksi • 3. Karbohidrat

  19. Ligase • Mengkatalisis pembentukan ikatan baru, disertai dengan hidrolisis ATP atau nukleosida trifosfat lainnya. X + Y + ATP X-Y + ADP + Pi • Nama sistematik X:Y ligase • Digit kedua: jenis ikatan yang dibentuk • 1. C-O • 2. C-S • 3. C-N • 4. C-C

  20. Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut ikatan yang dibentuk • E.C. 6.3.1 asam-amonia ligase (amida, sintase) • E.C. 6.3.2 asam-asam amino ligase (peptida, sintase)

  21. Contoh • ATP + D-glukosa ADP + D-glucose 6-phosphate • Nama Sistematis: ATP:glucose phosphotransferase • Nama yang Direkomendasi (trivial): Heksokinase • EC number: 2.7.1.1 • (2) transferase • (7) phosphotransferase • (1) gugus hidroksil sebagai akseptor • (1) nomor seri yang diberikan secara acak

  22. Enzyme Data Base • EXPASY (Expert Protein Analysis System) http://www.expasy.ch/ • The Comprehensive Enzyme information system http://www.brenda-enzymes.org/index.php3 • KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg

More Related