Výzkum rostlinných patogenů a jeho trendy v BC

1. Výzkum rostlinných patogenů a jeho trendy v BC AVČR, v.v.i. ÚMBR v Českých Budějovicích • Biologické centrum v.v.i., AV ČR • Ústav molekulární biologie rostlin • Branišovská 31 • České Budějovice • www.umbr.cas.cz/virologie • petrzik@umbr.cas.cz

2. Specializace • Vývoj detekčních metod fytopatogenů • Diagnostika nových infekcí • Vyhledávací průzkum patogenů • Výzkum molekulárních vlastností a interakcí virů

3. Studované patogeny • Všechny skupiny rostlinných virů • Fytoplazmy • Vybrané karanténní fytopatogenní bakterie • Viroidy – odd. Molekulární genetiky Dr. Matoušek

4. Metody • biologické a sérologické testy • transmisní a scanovací elektronová mikroskopie • molekulární metody • realtime PCR • makroarray • sekvencování • hybridizace

5. Aktuálně řešené projekty Účinnost acyklických nucleosid fosfonátů a dalších antimetabolitů proti rostlinným virům Identifikace fytoplazem pomocí fluorescenčního oligonukleotidového mikročipu Analýza genomu viru mozaiky ředkvičky Molekulární analýza komplexního genomu patovarů bakterie Psedomonas syringae a návrh DNA čipu pro jejich paralelní detekci Studium výskytu fytopatogenů a jejich genetických variant Výzkum metod ozdravování rybízu Diagnostika virů a fytoplazem ve šlechtitelském materiálu jetele lučního Průzkum výskytu virů a fytoplazem infikujících rod Vaccinium v ČR Studium fytoplazem způsobujících onemocnění proliferace jabloní a odumírání hrušní v České republice

6. Spolupráce v rámci České republiky a EU • Projekty 5. a 6. rámcového programu EU • Projekty COST EU • VŠÚO Holovousy • VÚB, Havlíčkův Brod • Chmelařský institut, Žatec • VÚRV, Praha – bakterie • SRS – odb. karantény, odb. diagnostiky, Olomouc • privátní šlechtitelé

7. Naše nejvýznamnější výsledky - 1 • Nález a identifikace dosud neznámých virů • Daphne mosaic potyvirus • Largeleaf lupine potyvirus • „Clover leaf rhabdovirus“

8. Naše nejvýznamnější výsledky - 2 • Nálezy patogenů na nových hostitelích • Apple mosaic virus na hrušni • fytoplazma proliferace jabloně a stolburu na jeteli lučním • fytoplazma fylodie jetele na třapatce nachové • fytoplazma proliferace jetele na rododendronu • neznámý badnavirus na jeteli lučním

9. 1 tggtatcaga gcctagtact ctcaccagta cgggatccaa ctcatcatct tcatcaacat 61 ccaagcatgt ctgaagaaga aatcagaatg gaccaaccac agggcggcca cgacgagtac 121 atcttcgaag aagaaggtac gtatgcacat gatgttgcaa tagattctac tcttttaaaa 181 gagatagaaa agaaagatct tgaacttact tctgaggaag tattcaagac tccaagcttg 241 tggaagaaat tcctcaaagc tcggaaaaac atatgcattt cttgtgtcag ttctagggaa 301 tatcccatag aaattgctca agcaaatgga cttactgaga ttcctttctt caacagagaa 361 gaaatcgaaa gtaagaaaag ggtgttaaaa cccgaagatc gtaaaaagat agattttatt 421 catataggat ctgttaaaat tatgatcaaa agcaccttta ggacaggaat agactctcct 481 attagtgtag cactccttga ccggagaatg aaaaacgcta aagacgcagt cttcggcgga 541 gttaaaggta acctttccta cgggaaactt atctttacct acaacccaaa aatctctgtt 601 agtcttagag accctacgat taacaagact ttaacactag ctcatttctt tgaaaaagaa 661 gaattgatgc atgagggaaa tcatccctat actatatcct acaaaatagg atacaccttg 721 tcaaactctc accacagcct agagtttaga ccaaaagaac ctatttgtat agatgacctt 781 ttctctacag taggaaaaat atctcaagca cccttgcaag agataactcc catagaaaac 841 tattggagaa tgagcctagg taacactagc agaagacttc taggagaaag acctagaatg 901 attgtcatag aggacgatga agaagagacc cctcttgaca gacatacaga aagagcatta 961 gctagatctc aatctaggat gctaggttta aggcccttag aagaccttag aaccaccagc 1021 cgcaagatta atacccttgc acatcagcta tagaagaatg agtttcagaa gagaacctca 1081 tatctactat aagaagcagt acctcactct caacactcaa aatgttgaaa gaggagagcc 1141 cgaatacctc tatgtaggag ggcgaggaat tgaaggatgt ttgaaacacc tcaataacat 1201 caatgttgta tgtggaaaca tacatatgat gaactactat atttgtaaga ctttaggaat 1261 aaagacttcc atctatagaa acactccaga agataatagt aacccaggat tactatccct 1321 tctaggaaaa cctcaagaga gttcattcca gaaccctcta gagaaaaaga tagacaatct 1381 tagcgataag attagagatc taggatctaa taccacaggt atagagactg aaaagaagtt 1441 agctgacctt agtaataaga ttagtgaact tgaaagaaaa atatcatctc ttaacacaga SVBV Naše nejvýznamnější výsledky - 3 • Prioritní zjištění kompletních sekvencí virů • Strawberry vein banding caulimovirus • Daphne mosaic potyvirus • Radish mosaic comovirus • Turnip ringspot comovirus

10. Trendy našeho výzkumu Zvýšení efektivity identifikace patogenů • Nové diagnostické metody • paralelní detekce patogenů arrays, systém array v roztoku • Vývoj skupinově specifických detekcí virů • Identifikace nových virů paralelním sekvencováním • Aplikace v plodinových ústavech – zdravá sadba