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Microbiologie

Microbiologie. Formation correspondants 2010 Dr C. Simac. Écologie. Origine des microorganismes. Flore endogène : flore propre à l’individu (flore cutanée, muqueuse, digestive…) Flore exogène : Autre individu : soignant, patient Environnement : eau, air, surfaces….

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Presentation Transcript

  1. Microbiologie Formation correspondants 2010 Dr C. Simac

  2. Écologie

  3. Origine des microorganismes • Flore endogène : flore propre à l’individu (flore cutanée, muqueuse, digestive…) • Flore exogène : • Autre individu : soignant, patient • Environnement : eau, air, surfaces…

  4. Classification « fonctionnelle » des µ-org

  5. Réservoir : Patient Personnel environnement µ-org : Bactérie, virus, champignons.. Receveur : patient transmission

  6. Classification des virus • Acide nucléique : ADN – ARN • Enveloppe ou non : virus nus beaucoup plus résistants • Forme : cylindrique, cubique, hélicoïdale • Diagnostic : culture difficile (cellules), PCR, sérologie

  7. VIRUS • Transmission par le sang et liq biologique : • Hépatites B et C, HIV, CMV…… • Transmission respiratoire : • VRS, RhinoV, VZV, grippe… • Transmission par contact cutanéo-muqueux • Herpesv, VZV, AdénoV (kératoconjonctivite)…. • transmission par voie digestive : • RotaV…. • Transmission interhumaine • TTT lourds (anti-viraux), vaccins

  8. Parasites et champignons • Parasites : • Ectoparasites : poux, gale, puces… • Transmission inter-humaine (poux – gale…) • Environnement : poux de poules…. • Transmission – épidémie – traitement contraignant en cas d’épidémie

  9. Champignons : • Levures : Candida albicans…. • Ch. filamenteux : Aspergillus

  10. Champignons • Environnement : Aspergillus, • Pneumopathies • Infections systémiques graves • ISO • Flore endogène : Candida • Infections localisées • Infections généralisés

  11. BACTERIES Staph aureus : 19 % Ecoli : 25 % Pyo = P aeruginosa : 11 %

  12. Classification des bactéries • Forme : • Cocci • Bacilles • Propriétés tinctoriales : GRAM • Gram + • Gram – • Pouvoir respiratoire : • Aérobie • Anaérobie • Aéro-anaérobies

  13. Cocci à Gram + • Staphylocoques • Aureus • Epidermidis • Autre Staph blanc • Streptocoques • Strepto A • Strepto B • Pneumocoque • Autre Strepto • Enterocoque

  14. Bacilles à Gram + • Corynébactéries • Anaérobie : Clostridium difficile

  15. Bacilles gram - • Enterobactéries : • Ecoli • Klebsiella • Enterobacter • Proteus • Salmonelles, …. • Autres BGN : • P aeruginosa • A baumannii • Haemophilus… • Legionella

  16. Autres bactéries : • Peu concernés par les IAS • Mycobactéries • Chlamydiae • Mycoplasmes

  17. BACTERIES BG+ CG+ BG-

  18. Flore endogène Corps humain : 1013 cellules – 1014 bactéries Peau : Staphylocoques Coryne… VAS : Strepto, Neisseria, ana… Flore digestive : Enterobactéries, Ana (CD) Enterocoque… Flore génitale : Lactob, strepto, enteroB…

  19. Principales espèces • S aureus : • Habitat : flore cutanée (nez) • Infections sur matériel (KT, SU, prothèse…) • ISO, pneumopathies, infect° cutanée…. • S epidermidis • Habitat : Flore cutanée • ILK, ISO (os)…. • Clostridium difficile : • Habitat : Flore digestive • colite • enterocoque • Habitat : Flore digestive • IU, septicémie, inf abdominales, (ISO…)

  20. E coli : • Habitat : Flore digestive, génitale • IU, septicémie (ISO, inf° cut-muq…) • Autres entérobactéries : Kpne, E aerogenes, E cloacae, Proteus mirabilis…) • Habitat : Flore digestive • IU, septicémie, pneumoP (ISO, inf° cut-muq…)

  21. Pseudomonas aeruginosa • Habitat : Environnement • Peu pathogène • ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau… • Acinetobacter baumannii : • Habitat : Environnement / peau • Peu pathogène • ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…

  22. Les bactéries multirésistantes (BMR)

  23. définition • Les bactéries sont dites multirésistantes aux antibiotiques (BMR) lorsque, du fait de l'accumulation des résistances naturelles et acquises, elles ne sont plus sensibles qu'à un petit nombre d'antibiotiques habituellement actifs en thérapeutique.

  24. Les principales BMR • SA résistant à la méticilline (SARM) • S aureus résistant aux glycopeptides • Entérobactéries résistant aux C3G (BLSE) • P aeruginosa résistant à la ceftazidime • Entérocoque résistant à la vancomycine • A baumannii résistant aux βlactamines

  25. Risques liés aux BMR • Virulence proche souches sauvages • Mais erreur TTT +++ • Impasses TTT • Diffusion +++ • Coût +++ • Transfert de résistances

  26. SARM en Europe 2002 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 5 à 10 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl

  27. Pas de données < 1 % 1 à 5 % 5 à 10 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl

  28. P aeruginosa CAZ R en Europe 2005 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 5 à 10 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl

  29. E coli C3G R en Europe 2005 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 5 à 10 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl

  30. E faecium VancoR en Europe 2005 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 5 à 10 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl

  31. Maitrise des BMR • Limiter l’apparition des BMR : • Bon usage des antibiotiques : le bon Atb à la bonne dose, au bon moment • Limiter l’utilisation des ATB, à l’hôpital et en ville

  32. Maitrise des BMR • Limiter la diffusion des BMR • Précautions standard • +/- précautions complémentaires • Dépistage • Signalement • Utilisation des SHA

  33. Exemple de BMR : E coli BLSE : Diminution du Ø d’inhibition « bouchon de champagne » sauvage

  34. Exemple de BMR :P aeruginosa sauvage Multi R

  35. Surveillance des IAS

  36. Coût des IAS • Coût humain : • 5 à 10 % des patients hospitalisés • ≈ 4000 DC par an en France • Coût économique • Direct : 300 à 700 M € / an • 75 % : ↑ hospitalisation • 20 % : antibiotique • 5 % : biologie • Indirect ?

  37. Surveillance épidémiologique • Définition: Système d ’information consistant à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre de programmes de prévention. • BUTS : Il est utilisé comme outil d’évaluation et de réduction du risque infectieux. Il permet de définir des objectifs quantifiés de prévention

  38. Programme de prévention • Étape diagnostic = identification du problème (surveillance) • Étape « Thérapeutique » : mise en place de mesures correctives, protocoles, formations… • Étape de suivi : • Audit : évaluation des pratiques • surveillance des IN : évaluation des résultats

  39. Pourquoi surveiller • détecter et quantifier un risque • Détecter les événements inhabituels = outil d’alerte • Détecter les dérives = outil de vigilance • Évaluer les mesures mises en place = outil d’évaluation • définir des priorités, des objectifs • améliorer la qualité des soins • Sensibiliser l’ensemble du personnel

  40. Comment surveiller les IAS • Indicateurs simples et pertinents • Méthode rigoureuse : • Définir la période : continue, discontinue • Avoir un (des) référentiel(s) • Définir : • les IN surveillées • Les actes à risque • Les patients • La population de l’étude (numérateur)…

  41. Les enquêtes • Prévalence : • Photographie à un instant (réservoir) • Enquête « un jour donné » = transversale • Incidence : • Film (durée) • Évolution = longitudinale

  42. Les enquêtes • Taux de prévalence = nbre de cas / nbre patients présents X 100 • Taux d’incidence = nbre de Nx cas / nbre JH X 1000 (ou nbre de patients présents X 100) t1 t0 P P = 2/4 I = 3/7

  43. prévalence • Enquête un jour donné, transversale • Inclus tous les cas « actifs » • Peu précise, estimat° des IN • Ne permet pas de voir les bouffées épidémiques • Facile à mettre en œuvre • sensibilise

  44. incidence • Surveillance longitudinale : au moins 3 mois ou 100 patients inclus • Détermination plus précise des IN • Bouffées épidémiques • Identification des facteurs de risque • Très lourde, temps +++

  45. réseaux • Surveillance globale • Surveillance ciblée sur une population à risque ou un facteur de risque : • Ex : taux d’incidence des IU rapporté à 100 jours de sondage • Ex : prévalence des ISO / 100 patients opérés • Participation à un réseau de surveillance (CCLIN SE) : BMR, réa, bactériémies, mater, dialyse, ISO, AES… • Méthodologie • Comparaison • Transparence

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