Microbiologie Clinique

1. Microbiologie Clinique LE DIAGNOSTIC

2. Buts • Établir et confirmer l’étiologie (les caractéristiques) de l’agent infectieux par son l’isolation et son identification • Faire des tests de susceptibilité aux agents antimicrobiens • Faire des tests sérologiques pour faire un suivi de la progression de l’agent infectieux chez le patient • Ex. Suivi de la réponse immune

3. 1. Le Prélèvement • Prélèvement doit représenter la zone malade • Quantité prélevée doit permettre un examen complet • Doit éviter la contamination • Flore naturelle • Doit être acheminé rapidement au laboratoire • Maintenir la représentation • Si possible, faire avant l’antibiothérapie • Déterminer la susceptibilité avant de prescrire l’antibiothérapie

4. 2. Identification Préliminaire • Microscopie • Coloration de Gram • Coloration alcoolo acido-résistante • Culture • Milieu sélectif et/ou enrichissant • Milieux différentiels • Ex. Patrons d’hémolyses

5. 3. Suivi • Méthodes • Microbiologiques • Sérologique/immunologique • ELISA • Agglutination • Fixation du complément

6. Méthodes Sérologiques/Immunologiques • Déterminer la présence d’un antigène : • Un organisme • Une protéine • Une toxine • Un anticorps • Réaction au latex (agglutination) • Dosage par la méthode d’ELISA • Fixation du complément

7. + Latex enrobé d’anticorps Spécimen qui contient l’antigène Test d’anticorps + Latex enrobé d’antigène Spécimen qui contient des anticorps Agglutination au Latex Test d’antigène • 7

8. Avec Ag Pas d’Ag Sérum du patient Lyse Y Y Y Y Y Y Y Y Y Y Y Y Y Y Y Y Y Y Y Y Y Ag Ag Ag Fixation du Complément • Méthode Ajout d’Ac contre Ag à être décelé Ajout d’une concentration limite du complément Ajout de globules rouges sensibilisés avec IgG

9. Fixation du Complément (Suite) • Essai qui détermine si le complément est utilisé par la liaison d’AC spécifique à un antigène • Complément utilisé – Pas de lyse de globules rouges • Fixation du complément • Antigène présent • Complément inutilisé-lyse de globules rouges • Aucune fixation du complément • Antigène absent • Essai peut être fait de façon quantitative • Sensibilité moyenne

10. Dosage par la Méthode ELISA • Utilisé pour déceler la présence d’anticorps ou d’antigènes • Très sensible • Quantitatif • Rapide

11. Antigène Présent Antigène Absent Y Y ELISA – Détection d’Antigène Sérum (source d’Ag) est ajouté à puits de plastic Agent bloquant est ajouté Ac(anticorps primaire) contre Ag est ajouté Lavage Ac(secondaire) complexé à une enzyme est dirigé contre l’anticorps primaire. Cela va permettre la détection Lavage Substrat est ajouté ENZ ENZ ENZ ENZ Y Y Y Y Y Y Y Y Y Y ENZ ENZ ENZ ENZ Y Y Y Y Y Y

12. Ac Présent Ac Absent Y Y ELISA – Détection d’Anticorps Ag cible pour Ac à déceler ajouté aux puits Agent bloquant est ajouté Sérum à tester est ajouté Lavage Ac (anticorps primaire) contre Ag est ajouté, ensuite on fait un lavage Ac (secondaire) complexé à une enzyme est dirigé contre l’anticorps primaire. Cela va permettre la détection On fait un lavage, puis le substrat est ajouté ENZ ENZ ENZ ENZ Y Y Y Y Y Y Y Y Y Y ENZ ENZ ENZ ENZ Y Y Y Y Y Y

13. Interprétation des Résultats Dilutions des sérums Sérum 1 Sérum 2 Sérum 3 • Conclusions • Patients 1 & 3 sont positif pour le VIH • Patient 3 possède un titre plus élevé • Patient 2 est négatif pour le VIH Témoin négatif • Sérums de patients testés pour le VIH • Ac 1o anti-VIH de souris • Ac 2o anti-Ac de souris

14. Suivi du Microorganisme • Méthodes • Microbiologiques • Comptes viables • Comptes directs • Sérologique/immunologique • ELISA • Agglutination

15. ÉPIDÉMIOLOGIE

16. Définitions • Épidémiologie: Branche de la médecine qui décrit l’occurrence, la distribution et les types de maladies dans des populations pendant des périodes de temps distinctes • L’épidémiologie est l’étude du qui, quoi, quand, où et comment des poussées de maladies infectieuses

17. Définitions (Suite) • Maladie infectieuse • Maladie causée par un agent infectieux • Ex. le tetanos • Maladie subclinique • État dans lequel l'infection a causé une atteinte tissulaire, mais avec absence de signes ou symptômes cliniques • Maladie contagieuse • Transmission directe ou indirecte à partir d’une personne infectée • Ex. L’influenza – La grippe • Maladie transmissible • Transmission par des voies non naturelles à partir d’une personne infectée • Ex. le SIDA, la rage

18. Mesures de l’Apparition de la Maladie • Incidence cumulative • Proportion de personne dans une population qui est tombée malade au cours d’une période de temps spécifiée No de nouveaux cas de la maladie durant la période de temps spécifiée IC= No totale de personnes à risque dans la population au début de la période de l’étude

19. Incidence Cumulative: Exemple 1 • L'incidence quotidienne de la varicelle chez les enfants de 1ère année à l’école primaire Booral pendant l'épidémie de 1998 était de 10 nouveaux cas pour 100 enfants • S'il y avait 200 enfants en première année, combien de nouveaux cas y avait-il chaque jour? • 10 nouveaux cas 100 enfants • X nouveaux cas 200 enfants • X = 20, donc 20 enfants

20. Incidence Cumulative: Exemple 2 • En 2000, 818 femmes avaient une fécondation in vitro à Ottawa. 80 d’entre elles ont développé une grossesse clinique dans le mois qui a suivi • Le IC de la grossesse était? • IC= 80/818 = 0.098 • 0.098 x 100 = 9.8 %; donc 9,8 cas par centaines de femmes

21. Morbidité: Taux d’Attaque • Taux de propagation d’une maladie d’un individu à un autre dans une fraction de la population qui est observée pendant une période limitée de temps • Mesure du risque de développer la maladie durant une période de temps précise • Mesure de la transmissibilité No de nouveau cas de la maladie durant la période de temps spécifiée Taux d’attaque= Population totale à risque durant la période de temps

22. Taux d’Attaque: Exemple • Pendant la première semaine d‘avril 2002, l‘unité de la santé publique a été appelée pour mener une enquête sur plus de 20 rapports de personnes souffrant de gastro-entérite après avoir mangé au restaurant le Parramatta. Une enquête a été menée et tous les clients qui ont mangé au restaurant durant cette semaine ont été interviewés. Ils ont trouvé 2000 clients qui ont mangé au restaurant, dont 400 qui sont tombés malades • Quel était le taux d'attaque? Taux d'attaque = 400/2000 = 0.2 = 0.2 x 100 =20% donc 20 personnes par 100 clients