1 / 12

STRATEGIE MOLEKULÁRNÍ GENETIKY

STRATEGIE MOLEKULÁRNÍ GENETIKY. Kolektiv Laboratoře molekulární biologie Onkologické centrum J. G. Mendela Nový Jičín. PŘÍMÁ DNA DIAGNOSTIKA hledá se kauzální mutace. - musí být známá sekvence genu / oblasti - nevyžaduje biol. mat. od probanda - spolehlivost je 100%. Volba metod:

dudley
Download Presentation

STRATEGIE MOLEKULÁRNÍ GENETIKY

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. STRATEGIE MOLEKULÁRNÍ GENETIKY Kolektiv Laboratoře molekulární biologie Onkologické centrum J. G. Mendela Nový Jičín

  2. PŘÍMÁ DNA DIAGNOSTIKA hledá se kauzální mutace - musí být známá sekvence genu / oblasti - nevyžaduje biol. mat. od probanda - spolehlivost je 100% • Volba metod: • PCR, PCR/RE, ASO, ARMS,... • Southern blot, Northern blot, • klonování, SSCP, DGGE, TGGE, heteroduplexová analýza, sekvenování…

  3. PŘÍMÁ DNA DIAGNOSTIKA SRPKOVITÁ ANEMIE RE: Mst II – CCTNAG (N = A, C, G, T) Beta A globin: -- CCT-GAG-GAG -- -- GGA-CTC-CTC -- Beta S globin: -- CCT-GTG-GAG -- -- GGA-CAC-CTC --

  4. NEPŘÍMÁ DNA DIAGNOSTIKA • - nehledá se kauzální mutace • - sleduje se segregace mutované alely pomocí vysoce polymorfních lokusů • musí být jasná klinická diagnóza • vyžaduje biologický materiál od probanda • spolehlivost závisí na frekvenci rekombinace • polymorfizmy: • RFLP ( restriction fragment lenght polymorphism) • VNTR ( variable number of tandem repeats) • STR ( short tandem repeats)

  5. RFLP - RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM POLYMORFIZMUS DÉLKY RESTRIKČNÍCH FRAGMENTŮ

  6. RFLP

  7. RFLP

  8. VNTR – VARIABLE NUMBER TANDEM REPEAT GCTTTACCATTGGTAAAACTGA sekvence jednoho úseku možný počet tandemově se opakujících úseků: 1 - 7 frekvence jednotlivých alel: 1 (0.1), 2 (0.1), 3 (0.1), 4 (0.3), 5 (0.3), 6 (0.05), 7 (0.05)

  9. STR SHORT TANDEM REPEAT AF CACACACACACACACACA 1 0.05 2 0.1 3 0.2 4 0.2 5 0.2 6 0.1 7 0.07 8 0.04 9 0.04

  10. Extragenové markery(proximální konec genu) Intragenové markery FIXgen Extragenové markery(distální konec genu) Extragenové markery(proximální konec genu) Intragenové markery FVIIIgen Extragenové markery(distální konec genu)

  11. 1 2 I. 2 F*1 2 1 F2 1 1 F1 1 1 2 3 4 5 6 II. 1 F2 1 1 F1 1 1 F1 2 2 F*1 2 1 F 1 1 2 F2 1 2 F*1 2 1 F1 1 2 F2 2 1 2 3 4 5 6 7 III. 1 F1 1 1 F 1 2 1 F1 1 2 F*1 2 2 F*1 2 1 F1 1 2 F2 2 2 F*1 2 2 F2 2 2 F2 1 2 F2 1

  12. FAKTORY OVLIVŇUJÍCÍ SPOLEHLIVOST MOLEKULÁRNĚ GENETICKÉ DIAGNOSTIKY • nesprávná klinická diagnóza • technické chyby • záměna vzorků • odběr mateřské tkáně místo fetálního, kontaminace • chybná interpretace výsledků • nedostatek biologického materiálu • neinformativita rodiny • non-paternita • rekombinace mezi mutací a sledovaným markerem • gonadální mozaicizmus

More Related