1 / 17

Oligonukleotidok szintézise

Oligonukleotidok szintézise. Dezoxinukleinsav szintézis. Elv:. ( ). 1. Kondenzáció (módszer) 5-OH + H (3) 2. Vízmentes közeg 3. Védőcsoportok. ( ). Módszerek. 1. Karbodiimid Tood (Nobel díj 1968) (1955) Khorana (Nobel díj 1975) Kapcsoló szer: DCC/Piridin Védőcsoportok:.

buck
Download Presentation

Oligonukleotidok szintézise

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Oligonukleotidok szintézise

  2. Dezoxinukleinsav szintézis Elv: ( ) 1. Kondenzáció (módszer) 5-OH + H (3)2. Vízmentes közeg3. Védőcsoportok ( ) Módszerek 1. Karbodiimid Tood (Nobel díj 1968) (1955) Khorana (Nobel díj 1975)Kapcsoló szer: DCC/PiridinVédőcsoportok: Acetil (Ac) 6 4 DCC Tritil(Tr) Acetil (Ac)

  3. Védőcsoportokok eltávolítása Ac 1. Lúg 2. Sav (80% AcOH) Ac Lúg + Láncnövekedés Megjegyzések: 1. Oldatban2. Ribonukleotid sor: 3. védelem (Bz) Bz2 védelem (MMTr) mono

  4. 2. Foszfit módszer Beaucage, Caruthers; Matteucci, Caruthers (szilárd hordozó) szilika szilika szilika szilika Bz2 savérzékeny bázis érzékeny Bz 2.1 Szilárd hordozó - szilika - üveggyöngy - műanyag - cellulóz papir 1. borostyánkősavanhidrid2. védett nukleotid H + + DMTr + l= 498 nm DMTr +

  5. 2.2 Védőcsoportok benzoil N-6-benzoil adenin[ABz]N-4-benzoli citozin[CBz]N-2-isobutil guanin[GIBu] 4,4’-dimetoxitritil a) CH3-b) b-CN-CH2-CH2- (b-cianoetil) N,N diizopropil 2.3 Aktiválás Bz Bz Tetrazol Diizopropilfoszforamidát

  6. Bz IBu Szilika Szilika Szilika Szilika IBu 2.5 Oxidáció: „foszforossav foszforsav” Bz Bz 3 IBu IBu 1 2 2.4 Kapcsolás Bz + tetrazol I2, H2Okollidin 2.6 Hasítás 1. CH3 eltávolítása (tiofenol)2. Oligonukleotid hasítása a hordozóról (NH3)3. Nukleozid bázis védőcsoport (Bz, IBu) eltávolítása (NH4OH + hő) 2.7 Tisztítás HPLC Elektroforézis

  7. DNS/oligonukleotid chip (csip)

  8. Expression levels of 50 genes most highly correlated with the acute lymphoblastic leukemia (ALL) and acute myeloid leukemia (AML). Expressed in ALL Expressed in AML Expression levels greater than the mean: red, below the mean: blue. TR Golub et al Science 286: 531 (1999)

  9. Koenzimek

  10. KOENZIMEK Enzim = apoenzim (fehérje) + koenzim (nem-fehérje) Szubsztrátspecifitás Reakciótípus Típusai

  11. Nukleotid koenzimek • Adenozin mono-, di- és trifoszfát • felfedezés: Lohmann, Fiske (1929) észterkötés ciklusos AMP adenozin-monofoszfát (AMP) b-N-glikozid D-ribóz ATP ADP foszforsav DH° = -31 kJ/mol

  12. 2. NAD/NADH: oxidáció 5’ D-ribóz nikotinamid 5’ adenin nikotinamid-adenin-dinukleotid (NAD+) Példa: ADH enzim CH3-COH + CH3-CH2-OH + acetaldehid NADH NAD+ ADH = alkohol dehidrogenáz Mechanizmus +2e- + H+ NAD+ NADH

  13. 3. FAD/FADH2: oxidáció /enzimkötődés/ Flavin-adenin-dinukleotid (FAD)

  14. 4. Koenzim-A (CoA) felfedezés: Lipmann, 1946 észter kötés adenozin-3’,5’-difoszfát 5’ 3’ észter kötés savamid kötés 2,4-dihidroxi-3,3-dimetil-vajsav ciszteamin b-alanin savamid kötés pantoténsav (vitamin) S-acetil koenzim-A (Ac-CoA) - NH–(CH2)2 - SH - NH–(CH2)2 - S – CO – CH3

  15. 5. Koenzim-Q (ubikinon, CoQ) szemikinon Koenzim-Q, ubikinon ubikinol Koenzim Q4, n= 4 Koenzim Q9, n= 9 Koenzim Q10, n= 10

More Related