Rappels sémiologiques et microbiologiques, pour mieux comprendre l'examen clinique, la pratique et l'analyse des prélève

1. Rappels sémiologiques et microbiologiques, pour mieux comprendre l'examen clinique, la pratique et l'analyse des prélèvements lors des infections • Comment mener l ’examen clinique d ’un patient fébrile • Comment apprécier l ’essentiel qui guide les premières décisions au domicile ou aux urgences • Comment prescrire les premiers examens • Comment prescrire les premiers traitements • Appliquable à chaque cas clinique et… à l ’expérience de tous les jours • Au total, savoir conduire le diagnostic étiologique d'une fièvre aiguë ou chronique.

2. Les trois grands types d’infection • Communautaire • Nosocomial • Opportuniste • Du voyageur…. • Du terrain débilité….

3. Les différents agents infectieux Bactéries • Pathogène (mécanismes toxiniques) • non pathogène, • saprophytes, • commensales, • équilibres de flore Virus Champignons Parasites Caractère aigu des infections Infections latentes, inapparentes, Concept de réservoir de virus essentiel dans la compréhension de l’épidémiologie

4. Savoir décrire les divers modes de transmission des agents infectieux à l’homme. • Importance de l’interrogatoire sur le mode de vie (urbain, rural), les sujets contacts, le contact avec des animaux (zoonoses), la profession, la notion de voyages…….

5. Connaître les moyens de défense spécifiques et non spécifiques de l'organisme en réponse à un agent infectieux (C) • Les premières barrières • Le rôle des monocytes macrophages • Les PN • Les barrières lymphatiques • Le rôle de l ’immunité cellulaire • Le rôle de l ’immunité humorale • Application aux bactéries, aux virus, aux champignons et parasites

6. La checklist • Caractéristiques de la fièvre • Etat général • Signes d ’accompagnement • Le terrain sous jacent • L ’examen clinique • Les premiers examens biologiques • Modalités évolutives

7. Caractéristiques de la fièvre • Citez des causes de fièvres qui ne sont pas infectieuses? • Thermopathomimie, inflammation, para néoplasiques, hyperthyroidie et la fièvre aux neuroleptiques… • Modalités d ’installation • Brutale • Insidieuse • Subaigue • Sa sévérité • >37,2 le matin… • Les hypothermies…. • Les signes associés • Frissons nécessitant une description • Sueurs • Douleurs • Ses modalités évolutives • Quotidienne, tierce, quarte • Sa sensibilité aux antibiotiques • Sa sensibilité aux antipyrétiques • Ondulante • Par périodes….

8. Etat général • Se conçoit au premier coup d’œil et ne se conçoit qu ’en comparaison à l ’état antérieur • Cautionné par l ’entourage • Un état général est altéré ou non • Amaigrissement • Asthénie • Anorexie • À ce stade sepsis bactérien ou viral est fortement suggéré • Le faciès de la suppuration chronique (endocardite maligne lente) • Pouls • Accélération en rapport • Bradychardie • A interpréter en fonction du terrain • TA • HypoTA systollo diastolique? • Respiration • Une polypnée en rapport • Une saturation normale chez un patient apyrétique et fébrile • Etat de deshydratation • Extra cellulaire • Diurèse conservée?

9. Signes d ’accompagnement • Plus ou moins au cœur du motif de la consultation • Un interrogatoire scrupuleux doit permettre de cerner le problème • Un examen clinique vient compléter (parfois avant l’interrogatoire selon l’urgence. • Interrogatoire en infectiologie: • Age, origine ethnique, milieu de vie, profession, niveau socio-culturel • Couverture sociale • Antécédents familiaux (……) et personnels (…..) • Statut vaccinal • Notion de contage • Antécédents (facteurs de risques) de valvulopathie, de cancers, d’insuffisance viscérale • ATCD de transfusion, de toxicomanie, sexuels • Prises de médicaments • Contact avec les animaux, les insectes et notion de voyages • Evaluation psychologique • Apprécier les caractéristiques de la T° • Les signes d’accompagnement • Les traitements depuis l’épisode actuel • Séjours hospitaliers… • Matériels étrangers…

10. Quels sont les principaux éléments de l’examen clinique?Signes d’atteinte viscérale et porte d’entrée • Cardio-vasculaire: • Pulmonaire • Cutané: • Aires ganglionnaires • Neurologiques • ORL • Etat dentaire et mycose buccale • Digestifs • Urinaires • Articulaires • Gynécologiques (touchers pelviens) • Sexuels • Thyroide • Signes ophtalmos

11. Quels sont les principaux éléments de l’examen clinique?Signes d’atteinte viscérale et porte d’entrée • Cardio-vasculaire: • pouls rythme et abolition d’un pouls (artère), dissociation du pouls, amplitude…. TA………. Souffle cardiaque et artériel • Pulmonaire • toux, dyspnée, circonsatnces d’appartition… • examen clinique (pneumonie, pleurésie, bronches….) • saturation, gazométrie…… • Cutané: • Livedo, purpura, panaris et faux panaris, rash, macules, papules, vésicule, érythème, infection à pyogène • Modalités de l’examen+++++++ • Aires ganglionnaires caractéristiques des ganglions rate++++++++ • Neurologiques • conscience, céphalées • examen neurologique à la recherche de signes méningés ou de localisation • ORL (angine, sinusite….) • Etat dentaire et mycose buccale • Digestifs • diarrhée, douleurs abdominales • Hépatomégalie, • Urinaires • Articulaires (arthralgie et arthrites, douleurs lombaires et musculaires) • Gynécologiques (touchers pelviens) • Sexuels • Thyroide • Signes ophtalmos

12. Notion de terrainavec une double notion de fréquence mais aussi de gravité • Quels types d’infection chez le diabétique • Chez le cancéreux • chez le transplanté d’un viscère • chez le migrant • Chez le vieillard • Chez la femme enceinte • Chez le nouveau né • Chez l’homosexuel • Chez le toxicomane….

13. Définition physiopathologiques • Septicémie • Bactériémie • Endocardite • Porte d’entrée • Mécanismes de la septicémie à staphylocoque • Localisations secondaires • Principes du traitement des septicémies: éradication bactérienne, guérison des gites infectieux et de la porte d’entrée • Guérison • Rechute • Récidive

14. Donnez la définition d’une fièvre persistante • >38.3, depuis plus de trois semaines • Inexpliquée si ……. • Repréciser les caractéristiques de la T° • Sensibilité aux antibiotiques et aux antipyrétiques • Etiologies: • bactériennes: endocardite, brucellose, typhoide, tuberculose…. • Germes intracellulaires • Virus CMV, VIH, HBV • parasitaires • Maladies inflammatoires 25%Tumeurs 25% • Thromboses

15. Comment apprécier l ’essentiel qui guide les premières décisions au domicile ou aux urgences • A quoi servent les urgences…. Circulaire méningocoque... • L’état général • La présence de critères de gravité (TA) • Des signes d ’accompagnements spécifiques • Orienter vers l’hôpital si incertitude • Si un traitement est mis en œuvre savoir en apprécier l’efficacité (critères de surveillance)

16. Comment apprécier l ’essentiel qui guide les premières décisions au domicile ou aux urgences Savoir identifier les situations imposant l’hospitalisation d’un patient fébrile. (A) • L’état général • La présence de critères de gravité (TA) • Des signes d ’accompagnements spécifiques • Orienter vers l’hôpital si incertitude • Si un traitement est mis en œuvre savoir en apprécier l’efficacité (critères de surveillance) • Avoir codifié avec le patient la démarche en cas d’aggravation….

17. Comment prescrire les premiers examens • NFS : GR, GB, plaquettes • Protéines de l’inflammation: la CRP • Bandelette urinaire • Hémoculture • ECBU • Ponctions selon le tableau • Ascite, lombaire • Prélèvements des pus • Prélèvements dirigés endoscopies ou par drainages • Radio de thorax • Savoir rédiger la prescription…….. • État civil et but de l’examen et si possible modalités

18. NFS • GR: donner trois mécanismes d ’anémie infectieuse • Inflammatoire • Hémolyse • Aregenérative • GB : quelles valeur diagnostic et pronostic • Neutropénie (<1000) • Hyperleucocytose avec PN (>7000) • Éosinophilie (<500) • Lymphocytes (>1000) • Monocytes (<1000) avec cellules basophiles • Plaquettes :quelles contextes • Thrombopénie (<150 000) • CIVD • Thrombocytose (>500 000)

19. La CRP • Très sensible • Peu spécifique • Diminution rapide sous trt efficace • Norme <6mg/l

20. Les prélèvements à visée microbiologique • Plusieurs buts • Visée diagnostique • Sur un site profond (éviter les contaminants) • Recherche spécifique si le prélèvement est plurimicrobien • type recherche de BAAR • Examen de selles à la recherche de salmonelles… • Orienté vers l’urgence avec recherche d’AG (légionelles) • Visée épidémiologique • Visée nosocomiale

21. Les milieux de transport • Adaptés à ce que l’on recherche • Lorsqu’on ne sait pas : un tube sec • Si on recherche une bactérie fragile, on demande au laboratoire avant • Conservation à 4° si plurimicrobien • Les germes fragiles sont conservés à 20° • Milieux de transport si on veut faire de la bio moléculaire

22. L’apparition des « home tests » • Le streptotest qui en quelques minutes met en évidence l’antigène du streptocoque…

23. - Savoir identifier les situations cliniques qui doivent faire pratiquer des hémocultures. • Chaque fois que l’on suspecte une bactériémie, lors des fièvres élevées et mal tolérées présumées bactériennes, lors des frissons • Chaque fois qu’il y a une hypothermie • Lors de toute infection sévère présumée bactérienne avant la mise en route d’une antibiothérapie • Lors des fièvres prolongées • Lors des infections bactériennes sur terrain débilité • Lors des situations évoquant une infection nosocomiale ou post opératoire • En plus des prélèvements locaux afin de maximaliser la probabilité de mettre en évidence un pathogène (lors d’une pyélonéphrite, lors des pneumonies, lors d’une méningite, lors d’une diarrhée fébrile) • Lors d’une fièvre supposée bactérienne et décapitée par une antibiothérapie • lorsque la fièvre persiste en dépit d’une antibiothérapie adaptée

24. Interprétation de l ’hémoculture • Plusieurs HC positives au même germe • On confronte le germe et la clinique • Une seule positive • On confronte le germe à la clinique (pouvoir pathogène indiscutable comme salmonelle, méningo…, mais si staphylo doré ou blanc…) • Plusieurs HC positives à différents germes • On suspecte des souillures • Discussion sur les types de germes • Problème des suppurations digestives • Problème nosocomial (prélèvement locaux et portage bactérien…) • HC pre-mortem • Aucune positive • 5 possibilités (ce n’est pas une septicémie-septicémie décapitée-suppuration non bactériémique-germe à croissance lente ou difficile-septicémie à champignon) • Des résultats divergents • Problème des cathéters

25. La bandelette urinaire • Leuco neg 15/µl 70µl 125/µl 500/µl Nitrites neg + ++ +++ • Infection urinaire = Pratique de l ’ECBU • _______________________

26. L ’ECBU • Leuco/ml bact/ml Culture résultat • ≤104 <103 neg normal • >104 ≥10 5 + certaine • >104 entre les deux + possible ou urétrite/prostatite ou décapité • >104 <103 neg décapité néphropathie BK • ≤104 ≥10 3 + souillure infection débutante

27. L’analyse des crachats • Cet examen a-t-il un intérêt • Conditions de prélèvement (à jeun le matin) après rincage de la cavité buccale • Avec effort de toux (kiné +aérosol irritant) • Quels critères pour l’imputabilité : le nombre de cellules épithéliales et leucocytes • <25 cel epithéliales et >25 leucocytes par champ et plus de 107 bactéries/ml sont les conditions de l’évaluation

28. La difficulté des prélèvements endobronchiques • Fibro bronchique : les limites • Brossage bronchique protégé: • >103UFC/ml • Sensibilité 35-85% spécificité 50-95% • Lavage alvéolaire: • >104UFC/ml • Sensibilité 10-90% spécificité 45-100% • Aspiration endotrachéale: • >105UFC/ml • Au total le nombre de bactéries est essentiel • Mais quid des prélèvements sous antibiotiques

29. Les prélèvements dermatologiques • Flore commensale et valeur pathologique • Prélever les pus avec un cathéter • Les vésicules…

30. Les autres prélèvements • LCR • Génitaux • Articulaires……

31. Intérêt et limite des sérologie et de la biologie moléculaire • De la physiopathologie de l ’infection bacterienne et virale. La quantité de DNA dans le sang est trop faible pour les bactéries par rapport aux virus • De l ’intérêt limité des sérologies à visée diagnostique. Il faut du temps pour que les anticorps apparaissent...

32. Comment prescrire les premiers traitements • Trt symptomatiques • Faut-il décapiter une fièvre • Intérêt et limite de l ’aspirine et du paracétamol en ne dépassant pas la dose maximale et en surveillant le foie • Les risques des hyperthermies?? • Les risques des infections abatardies….. • Trt antibiotiques • Oui si urgence à définir • Oui si certitude diagnostique (angine à streptocoque, inf urinaire et trt minute) • Oui si pneumonie à PNC typique • Oui si infection ORL type otite ou sinusite en sachant donner le bon antibiotique et en ayant défini le contrat avec le patient

33. Un peu de taxonomie • Une espèce regroupe des bactéries ayant au moins 70% d’homologie génomique • Une souche s’exprime en latin, en italique, avec une majuscule pour le 1° nom: Staphylococcus aureus • Le genre est plus vulgaire (les staphylocoques) • Comment on identifie une bactérie: • 1-coloration de Gram (+ ou - ; ne prennent pas le gram: les mycobactéries, spirochètes, chlamydiae et mycoplasmes) • 2-morphologie cocci ou bacille • 3-les caractère culturaux en aéro-anaérobiose (attention à la définition de l’anaérobiose stricte) • 4-mobilité • 5-capsule +/-spores • 6-secrétion d’enzymes • 7-mise en évidence de toxines? • 8-sérotypie

34. Définition de l’antibiothérapie probabiliste et définition de ses principes • La situation ne requiert pas de prélèvement ou on ne saurait en attendre les résultats • Critères épidémiologiques: • Connaissance des espèces bactériennes habituellement responsables de l’infection • Connaissance des mécanismes de résistance et de la probabilité de résistance • Critères pharmacodynamiques : • Habituellement sensibles • Inconstamment sensible • Habituellement résistantes • Naturellement résistantes • Critères pharmacologiques en prenant en compte le site de l’infection (diffusion des AB) et le terrain • Prix du trt…. • Critères écologiques • On reviendra sur les associations d’antibiotiques