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Genômica funcional como instrumento para estudo da resistência do cafeeiro a ferrugem

Universidade Federal de Viçosa BIO 796 – Problemas Especiais III - Bioinformática. Genômica funcional como instrumento para estudo da resistência do cafeeiro a ferrugem. Samuel Mazzinghy Alvarenga. Problema:

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Genômica funcional como instrumento para estudo da resistência do cafeeiro a ferrugem

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Presentation Transcript

  1. Universidade Federal de Viçosa BIO 796 – Problemas Especiais III - Bioinformática Genômica funcional como instrumento para estudo da resistência do cafeeiro a ferrugem Samuel Mazzinghy Alvarenga

  2. Problema: Ferrugem: Doença causada pelo fungo Hemileia vastatrix que acarreta muitos prejuízos para a cafeicultura. Objetivo do trabalho: Identificar seqüências do Projeto Genoma Café que estejam ligados à resistência do cafeeiro a ferrugem Desenvolver marcadores de DNA a partir das seqüências identificadas, para que sejam usados no auxílio aos programas de melhoramento genético visando resistência Analisar as seqüências identificadas visando fornecer informações sobre o mecanismo de resistência do cafeeiro a ferrugem Gerar CONHECIMENTO para o desenvolvimento de estratégias eficientes de controle dessa doença

  3. Projeto Genoma Café - Bibliotecas Tecidos submetidos a diversos tipos de estresses (ou não) Extração de RNA Construção de bibliotecas de cDNA

  4. Seqüências de DNA (ESTs raw reads) Montagem dos contigs Sequenciamento Trimagem http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe/ Base de dados

  5. Mineração de dados Estratégias Recursos Bancos de dados mencionados nas literaturas Coleta de seqüências em bancos específicos http://www.sgn.cornell.edu/ Pesquisa em bancos de dados públicos Entrez Gene http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene Análise de expressão diferencial Digital Differential Display http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/ddd.cgi?ORG=Les Biblioteca subtrativa Plataformas específicas de análises Northern Eletrônico http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe/ Vai depender do seu trabalho ! Outras

  6. Mineração de dados Coleta de seqüências em bancos específicos

  7. Mineração de dados Coleta de seqüências em bancos específicos

  8. Mineração de dados Pesquisa em bancos de dados públicos

  9. Mineração de dados Pesquisa em bancos de dados públicos

  10. Mineração de dados Pesquisa em bancos de dados públicos Análise de seqüência por seqüência, selecionando aquelas que julgar promissoras

  11. Mineração de dados Pesquisa em bancos de dados públicos

  12. Mineração de dados Pesquisa em bancos de dados públicos

  13. Mineração de dados Análise de expressão diferencial

  14. Mineração de dados Análise de expressão diferencial

  15. Mineração de dados Análise de expressão diferencial

  16. Mineração de dados Análise de expressão diferencial

  17. Mineração de dados Análise de expressão diferencial

  18. Mineração de dados Análise de expressão diferencial

  19. Mineração de dados Biblioteca Subtrativa Biblioteca de folhas infectadas Biblioteca A Biblioteca B Biblioteca C Biblioteca D ESTs presentes somente nesta biblioteca

  20. Mineração de dados Northern Eletrônico

  21. Mineração de dados Northern Eletrônico

  22. Mineração de dados Outros....

  23. Mineração de dados Outros....

  24. Mineração de dados Outros....

  25. Mineração de dados Outros.... Escolha das seqüências de interesse e armazenamento em projetos organizados por palavras-chave

  26. Phred Atribui valores de qualidade às bases Seqüênciamento Consed Visualiza e edita arquivos gerados pelo Phred Trimagem Retirada de “contaminações” Cálculo de sobreposição de reads Montagem Cap3, Crossmatch Remoção de falsas sobreposições Construção dos contigs Anotação NCBI, Pfam, Trembl, Prosite Bancos de dados Encontra fases de leitura ORF Finder BLAST Busca por similaridades KEGG Inferência de rotas metabólicas Inferência de funções moleculares, processos biológicos e localização celular GO Mineração de dados Escolha e análise das seqüências de interesse para o seu trabalho A partir daqui, cada um segue o seu caminho...

  27. No caso de obtenção de marcadores moleculares Mineração de dados Escolha das seqüências candidatas Desenho de primers específicos Teste de estabilidade dos primers Ajuste de protocolo de amplificação Testes de Amplificação com indivíduos resistentes e susceptíveis da população Obtenção das marcas moleculares

  28. Desenho dos primers http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi

  29. Desenho dos primers

  30. Desenho dos primers

  31. Obtenção de marcas moleculares Perfil de amplificação do primer CARF 005 Indivíduos susceptíveis (1-12) Indivíduos resistentes (13-24) M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24

  32. Próximas etapas • Analisar as seqüências obtidas pelos primers polimórficos • Fazer estudo de expressão nas seqüências cujos primers não mostraram polimorfismo RT-PCR Macroarranjo • Disponibilizar o conhecimento obtido para a comunidade científica

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